[發明專利]從頭組裝條碼化的基因組DNA片段的方法在審
| 申請號： | 201780062510.3 | 申請日： | 2017-08-09 |
| 公開（公告）號： | CN109804068A | 公開（公告）日： | 2019-05-24 |
| 發明（設計）人： | X·S·謝;邢棟;張棋涵 | 申請（專利權）人： | 哈佛學院董事及會員團體 |
| 主分類號： | C12N15/10 | 分類號： | C12N15/10;C12Q1/6806;C40B40/08;C40B50/18 |
| 代理公司： | 上海專利商標事務所有限公司 31100 | 代理人： | 余穎;陳揚揚 |
| 地址： | 美國馬*** | 國省代碼： | 美國;US |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 條碼化 組裝 基因組DNA片段 基因組DNA | ||
1.一種制造轉座體文庫的方法，其包括：
將多個轉座子DNA與多個微粒中的各微粒連接，其中連接單個微粒的所有轉座子DNA包括與所述單個微粒相關的共同獨特條碼序列，從而使所述多個微粒中的各微粒具有獨特的相關條碼序列，
將具有與之連接的轉座子DNA的所述多個微粒與轉座酶和切割酶合并以形成水性混合物，
將所述水性混合物與油相合并，從而形成多個微滴，其中所述多個微粒中的各微粒在相應的單個微滴中與所述轉座酶和所述切割酶一起分離，
對于各相應的單個微滴，從所述相應的單個微滴內的微粒切割所述多個轉座子DNA，并在所述微滴內形成多個轉座體，并且所述微滴內的各轉座體具有含有所述共同獨特條碼序列的2個轉座子DNA，
裂解所述多個微滴中的各微滴，和
收集所述轉座體以產生所述轉座體文庫。
2.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座體文庫包括大于1,000個轉座體。
3.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座體文庫包括大于10,000個轉座體。
4.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座體文庫包括大于100,000個轉座體。
5.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座體文庫包括大于1,000,000個轉座體。
6.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座體文庫包括大于2,000,000個轉座體。
7.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座體文庫包括大于3,000,000個轉座體。
8.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座體文庫包括大于4,000,000個轉座體。
9.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座體文庫包括大于5,000,000個轉座體。
10.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座體文庫包括大于10,000,000個轉座體。
11.如權利要求1所述的方法，其還包括提取一部分所述轉座體文庫以形成試劑轉座體文庫，其中所述試劑轉座體文庫的各轉座體具有獨特的相關條碼序列。
12.如權利要求1所述的方法，其還包括提取一部分所述轉座體文庫以形成試劑轉座體文庫，其中所述試劑轉座體文庫內基本上所有的轉座體具有獨特的相關條碼序列。
13.如權利要求1所述的方法，其中各轉座子DNA包含特異性引物結合位點和雙鏈轉座酶結合位點。
14.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座子DNA包含雙鏈轉座酶結合位點和突出端，其中所述突出端包含位于所述突出端5'末端的引物結合位點和條碼序列。
15.如權利要求1所述的方法，其中各轉座子DNA通過接頭和切割位點與相應的微粒連接。
16.如權利要求1所述的方法，其中各轉座子DNA包括5'突出端并且在其相應的5'末端通過接頭和切割位點與相應的微粒連接。
17.如權利要求1所述的方法，其中所述轉座酶是Tn5轉座酶、Mu轉座酶、Tn7轉座酶或IS5轉座酶。
18.如權利要求1所述的方法，其中油相包含表面活性劑。
19.如權利要求1所述的方法，其中所述油相內的所述多個微滴通過將所述水性混合物與所述油相以產生比存在的微粒更多的微滴的方式合并產生。
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