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[發(fā)明專利]一種形態(tài)學(xué)與分子生物學(xué)相結(jié)合鑒定貝類種質(zhì)的方法在審

專利信息
申請(qǐng)?zhí)枺?/td> 201610026927.1 申請(qǐng)日: 2016-01-11
公開(公告)號(hào): CN105586404A 公開(公告)日: 2016-05-18
發(fā)明(設(shè)計(jì))人: 滕爽爽;方軍;肖國(guó)強(qiáng);邵艷卿;林興管;蔡逸龍;柴雪良 申請(qǐng)(專利權(quán))人: 浙江省海洋水產(chǎn)養(yǎng)殖研究所
主分類號(hào): C12Q1/68 分類號(hào): C12Q1/68
代理公司: 暫無信息 代理人: 暫無信息
地址: 325000 *** 國(guó)省代碼: 浙江;33
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摘要:
搜索關(guān)鍵詞: 一種 形態(tài)學(xué) 分子生物學(xué) 相結(jié)合 鑒定 貝類 種質(zhì) 方法
【權(quán)利要求書】:

1.一種形態(tài)學(xué)與分子生物學(xué)相結(jié)合鑒定貝類種質(zhì)的方法,其特征在于,包括以下步驟: ①將可以準(zhǔn)確鑒定種類的貝類樣品保存于70%乙醇溶液中,常規(guī)方法提取DNA,擴(kuò)增線粒體 DNA的COI片段并測(cè)序,

通用引物序列

LCO1490:5′-GGTCAACAAATCATAAAGATATTGG-3′

HCO2198:5′-TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA-3′

②將采集的樣品保存于4%的福爾馬林溶液中,

③樣品形態(tài)學(xué)鑒定,在解剖鏡下將不能準(zhǔn)確確定種類的樣品依據(jù)形態(tài)特征歸類,從每 一類中選取具有代表性的個(gè)人進(jìn)行顯微拍照,記錄形態(tài)特征,該形態(tài)特征包括殼高、殼長(zhǎng)、 殼寬、總重、殼重、殼厚、背緣長(zhǎng)、外韌帶長(zhǎng)、殼頂寬、放射肋寬、絞合齒數(shù)、放射肋條數(shù),

④分子生物學(xué)鑒定,將選出的樣品提取DNA,擴(kuò)增線粒體DNA的COI基因片段并測(cè)序,將 測(cè)序結(jié)果與BOLDSystemsAnimalidentification[COI]進(jìn)行數(shù)據(jù)比對(duì),確定該種貝類的 分類學(xué)地位,并建立Barcoding數(shù)據(jù)庫(kù),

(1)DNA提取

a)切取貝類組織50~100mg,放入1.5mL滅菌離心管中用剪刀剪碎;

b)加裂解液500μL再加入5μL蛋白酶K,上下顛倒混勻,40℃水浴槽內(nèi)消化過夜;

c)加入體積比為25∶24∶1的酚、氯仿、異戊醇混合液500μL,放于旋轉(zhuǎn)培養(yǎng)器中混勻 20min;

d)室溫離心15min,5000r/min,用移液槍吸取上清液于另一離心管內(nèi);

e)重復(fù)c~d步驟3次;

f)加入與上清液等體積的氯仿∶異戊醇混合液,置于旋轉(zhuǎn)培養(yǎng)器混勻20min,該氯仿∶異 戊醇混合液的體積比為24∶1;

g)室溫離心15min,5000r/min,用移液槍吸取上清液于另一離心管中;

h)重復(fù)f~g步驟3次;

i)向得到的上清液中加入10μL醋酸鈉,再加入2.5倍上清液體積的無水乙醇,顛倒混 勻,無水乙醇于-20℃預(yù)冷處理;

j)將步驟i中的混合液放置于-20℃過夜;

k)4℃離心,12000r/min,15min后倒掉上清液加70%乙醇1000μL,12000r/min,1min離 心;

l)重復(fù)上述步驟k一次;

m)倒掉上清液加無水乙醇1000μL,12000r/min,1min離心,倒掉上清液,風(fēng)干;

n)加入50~100μLTE緩沖液,溶解DNA;

(2)目的片段的擴(kuò)增

PCR反應(yīng)體系為15μL,包含100ng模板DNA,1×PCR緩沖液,0.4UTaqDNA聚合酶,2.5mM MgCl2,0.25mMdNTP混合液,上下游引物各0.7μM,滅菌的雙蒸水將體系補(bǔ)至15μL。

PCR擴(kuò)增條件為:94℃預(yù)變性5min,然后30個(gè)循環(huán),每個(gè)循環(huán)包括3個(gè)步驟:94℃30S;49 ~56℃退火30S;72℃延伸45S,PCR產(chǎn)物用1.5%瓊脂糖凝膠電泳,DL2000DNAMarker作為檢 測(cè)產(chǎn)物大小,凝膠成像儀拍照,讀取PCR擴(kuò)增結(jié)果;

(3)目的片段測(cè)序及比對(duì)

將符合預(yù)期長(zhǎng)度大小的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序,將測(cè)序結(jié)果進(jìn)行拼接后,與貝類的在線 數(shù)據(jù)庫(kù)BOLDSystemsAnimalidentification[COI]進(jìn)行比對(duì),確定該貝類的分類學(xué)地位。

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