技術領域

本發明涉及生物技術領域，特別是涉及一種慢性牙周炎相關單核苷酸多態性檢測用的探針和引物、芯片及試劑盒。

背景技術

慢性牙周炎是牙周疾病中發病率最高的一類疾病，也是難治性牙周疾病之一，臨床上具有病程長、診斷治療復雜、臨床治療效果不一等特點。傳統的慢性牙周炎診斷方法主要根據臨床體征表現作為依據，通過測定牙周指數、牙槽骨附著喪失程度、牙齒松動度、牙周袋深度等指標，對慢性牙周炎進行診斷、分類和分型，并根據各項指標的嚴重程度，確定牙周炎的發展階段，實施不同類別的治療。此種診斷方法比較直觀簡單、易于掌握，但由于主要是依據臨床體征來診斷，對于早期牙周炎的診斷較為困難，缺乏對牙周炎發病機制的了解，特別是缺乏對個體基因背景在牙周炎發病過程中的作用的了解，無法預測個體牙周炎的進展和預后。

隨著人類基因組計劃的完成以及HapMap計劃和蛋白質組計劃的實施，尋找慢性牙周炎這類多基因遺傳疾病相關基因的研究在不斷發展，定位克隆、定位候選克隆、基因表達譜研究、候選基因分析以及目前基于家系和大規模病例對照的全基因組關聯研究等研究也在不斷深入，這些研究對于發現慢性牙周炎等復雜疾病關聯基因發揮了重要的作用。

各國學者研究發現:人群中存在牙周炎的關聯個體，他們常常攜帶某些牙周炎的關聯基因，這些關聯基因主要有:IL-6、CSF1、FPR1、CDKN2BAS、TNF-α、VDR等。其致病機理主要是通過調控IL-6、TNF-α蛋白的產生、影響其致損傷作用而影響牙周炎的發生和發展，或提高該基因所在啟動子的活性，增加其轉錄合成;而維生素D受體Bsml、Apall酶切位點所在區域的內在特性通過影響mRNA的穩定性來影響VDR基因的調控，使VDR的數量、增強子對靶部位的親和力等發生改變，從而促進牙周炎的發生和發展。Denisf等認為:牙周炎是一種多個等位基因(5-8種)共同作用的多因素疾病，單一的基因多態性很難影響疾病的發展，患有該病的個體也不必攜帶所有的等位基因。然而，以上研究均基于單個基因或少數基因，由于牙周炎是一種由遺傳-環境因素相互作用所導致的具有高度異質性和復雜性的多基因遺傳性疾病，單個基因研究具有很大的限制性。近年來，已有學者開始致力于研究某幾種基因連鎖對牙周炎發生、發展的影響。龐若愚曾提出TNF-α的某些等位基因與MHC-Ⅰ或MHC-Ⅱ區的特定單倍體型存在不平衡連鎖現象。加大對HLA特定單倍體型的連鎖分析，將有助于發現TNFA基因多態性與牙周炎的關系。但是，這些目前的易感基因研究依然缺乏在整體水平上對疾病的分析，也未能對基因-基因、基因-環境的相互作用進行深入探討。

新近發展起來的以第三代DNA多態位點——單核苷酸多態位點（Single?nucleotide?polymorphism,SNPs）為標記的基于全基因組的關聯研究策略，是一種不基于假設的、無偏倚的、全面篩選新基因的策略，從而克服了以往方法存在的局限性，所利用的多態位點SNPs在基因組中分布廣、密度高、易于分型，對于鑒定復雜疾病的關聯基因具有巨大的潛力。通過連鎖或關聯分析定位疾病關聯基因后，應用SNPs技術在復雜疾病的早期預測、早期預防、早期診斷和早期治療方面具有重大應用價值。隨著多重PCR-INVADER、MassARRAY?MALDI-TOF?System和Affymetrix?GeneChip等高通量基因型鑒定技術的發展，使得采用數千個甚至幾十萬個標記位點在全基因組中掃描疾病相關變異成為可能，為在分子水平上研究慢性牙周炎的發生和發展機制開辟了全新的思路。SchimrigkS[12]和Scapoli?C[13]等分別通對940個樣本的100000個單核苷酸多態性和對198個樣本DNA的微衛星巨陣大范圍分析基因位點，探索和篩查影響牙周炎進展的關聯基因。這種方法節省了大量的人力、物力，也使牙周炎關聯基因的廣泛篩查成為可能。

國外諸多研究已得出大量的牙周炎與基因多態性相關的陽性結果，但由于群體差異而造成的SNPs頻率差異，其中部分表現在牙周炎相關的陽性位點上，提示牙周炎存在人群遺傳異質性，在不同群體中可能存在發病機制上的差異。目前在國內，大多數的研究只集中在某一方面（細胞因子，免疫受體，蛋白質，結構分子等等），在數量方面受到很大限制，尚無報告應用SNPs技術來揭示中國人牙周炎與易感基因多態性位點的相關性研究。這種狀況提示在中國人群中開展牙周炎關聯基因研究（特別是大樣本的SNPs研究）及其發病機制研究有著不可替代的意義。