[發(fā)明專利]利用SSR引物鑒定大麥品種的方法及其應(yīng)用有效
| 申請?zhí)枺?/td> | 201210326416.3 | 申請日: | 2012-09-06 |
| 公開(公告)號: | CN102787172A | 公開(公告)日: | 2012-11-21 |
| 發(fā)明(設(shè)計)人: | 王艷平;沈奇;張繼紅;李華勇;吳燕;王顯生 | 申請(專利權(quán))人: | 江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院 |
| 主分類號: | C12Q1/68 | 分類號: | C12Q1/68 |
| 代理公司: | 江蘇圣典律師事務(wù)所 32237 | 代理人: | 程化銘 |
| 地址: | 210014*** | 國省代碼: | 江蘇;32 |
| 權(quán)利要求書: | 查看更多 | 說明書: | 查看更多 |
| 摘要: | |||
| 搜索關(guān)鍵詞: | 利用 ssr 引物 鑒定 大麥 品種 方法 及其 應(yīng)用 | ||
1.??一種利用SSR引物鑒定大麥品種的方法,包括提取供試品種樣品的DNA、用SSR引物進行PCR擴增,對PCR擴增產(chǎn)物進行凝膠電泳,變性聚丙烯酰胺凝膠電泳及銀染,SSR譜帶分析,其特征在于:所述的供試品種樣品至少為兩個大麥品種,所述的SSR引物包括14對基本核心SSR引物和14對擴展核心SSR引物,其中,14對基本核心SSR引物為Bmag0211?、Bmag0378、Bmag0711、Bmac0209、Bmag0877、EBmac0701、EBmac0635、Bmag0353、Scssr10148、Scssr03907、Bmag0009、Bmag0867、HVCMA和EBmac0603對應(yīng)的引物,14對擴展核心SSR引物為Scssr02748、HVM54、Scssr07759、HvXan、HVM27、HVM60、HVM40、Bmac0181、Scssr07106、Bmag0387、Bmac0018、Scssr09398、Bmac0064和Scssr15864對應(yīng)的引物;具體步驟如下:
提取供試品種樣品的DNA;
用14對基本核心SSR引物分別對供試品種模板DNA進行PCR擴增,其中的PCR擴增反應(yīng)總體積為25?μL,擴增反應(yīng)體系為:SuperTaq??5U/μL的DNA?Polymerase??0.2?μL,2.5mmol/L的dNTP?2?μL,含Mg2+的10×PCR?Buffer?2.5?μL,10?μmol/L的每對引物的上游和下游引物各1μL,供試大麥品種基因組20?ng/μL的DNA模板1?μL,雙蒸水補足25μL;PCR反應(yīng)程序為94℃預(yù)變性5min,35個擴增循環(huán),94℃?30?sec,47~62℃?30?sec,72℃?1min,72℃?延伸5min,4℃保存;
供試大麥品種PCR擴增產(chǎn)物進行凝膠電泳,變性聚丙烯酰胺凝膠濃度為6%,凝膠組分為:6%變性聚丙烯酰胺溶液60?mL,TEMED?50?μL,10%?過硫酸胺?500?μL;設(shè)定功率50?W,1×TBE緩沖液電泳?2?h,關(guān)閉電源,進行染色;染色過程是:10%冰醋酸溶液固定20?min,超純水迅速水洗,0.2%硝酸銀溶液銀染30?min,超純水再次迅速水洗,顯影液顯色數(shù)分鐘,直至條帶清晰,10%冰醋酸溶液終止5?min,超純水再次水洗;
通過分析基本核心SSR結(jié)果,大麥品種間多態(tài)性位點的差異,確定等位變異數(shù)及多態(tài)性信息含量,在相同遷移率位置上進行“1、0”標(biāo)注,構(gòu)建大麥品種的SSR分析譜帶數(shù)據(jù),利用這些數(shù)據(jù)對來源不明的大麥品種進行比較,如果品種間差異位點數(shù)≥3,判定為不同品種,形成鑒定結(jié)果;如果品種間差異位點數(shù)小于2,則轉(zhuǎn)入e步驟;
再用14個擴展核心SSR引物對采用供試品種模板DNA進行PCR擴增,其中的PCR擴增反應(yīng)總體積和擴增反應(yīng)體系均與b步驟相同;并按照d步驟進行變性聚丙烯酰胺凝膠電泳及銀染;
綜合分析基本核心SSR和擴展核心SSR引物的結(jié)果,確定等位變異數(shù)及多態(tài)性信息含量,在相同遷移率位置上進行“1、0”標(biāo)注,構(gòu)建大麥品種的SSR分析譜帶數(shù)據(jù),品種間差異位點數(shù)≥3,判定為不同品種;品種間差異位點數(shù)為1或2,判定為近似品種;品種間差異位點數(shù)為0,判定為疑同品種,形成鑒定結(jié)果;
????所述的6%變性聚丙烯酰胺溶液為420g尿素,10×TBE?50?mL,40%?PAG?150?mL,去離子水定容至1000?mL;所述的10%冰醋酸溶液是將100?mL冰醋酸,加入1000?mL去離子水;所述的0.2%硝酸銀溶液是將2.0?g硝酸銀,溶于1000?mL去離子水中;所述的顯影液是將15?g?氫氧化鈉溶于1000?mL去離子水中,再加入5?mL甲醛。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的利用SSR引物鑒定大麥品種的方法,其特征在于:提取供試品種樣品的DNA是指:對來源不明的大麥品種進行隨機取樣,每份樣品取單株5株,取幼苗葉片0.5?g混合為一個樣本,剪碎,放入2?mL離心管中,往離心管中加入液氮冷凍,放入研磨儀,磨成粉狀后立即加入預(yù)熱的DNA提取液790~810μL,劇烈搖動混勻,并在65℃水浴中保溫30~50?min,搖動使其混勻。
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