[發(fā)明專利]一種谷胱甘肽硫轉(zhuǎn)移酶基因型檢測方法無效
| 申請?zhí)枺?/td> | 200910196954.3 | 申請日: | 2009-10-10 |
| 公開(公告)號: | CN101693920A | 公開(公告)日: | 2010-04-14 |
| 發(fā)明(設(shè)計)人: | 毛丹丹;傅詠南 | 申請(專利權(quán))人: | 上海中優(yōu)醫(yī)藥高科技有限公司 |
| 主分類號: | C12Q1/68 | 分類號: | C12Q1/68;G01N27/447;G01N21/64 |
| 代理公司: | 上海申匯專利代理有限公司 31001 | 代理人: | 翁若瑩 |
| 地址: | 200433 上*** | 國省代碼: | 上海;31 |
| 權(quán)利要求書: | 查看更多 | 說明書: | 查看更多 |
| 摘要: | |||
| 搜索關(guān)鍵詞: | 一種 谷胱甘肽 轉(zhuǎn)移酶 基因型 檢測 方法 | ||
1.一種谷胱甘肽硫轉(zhuǎn)移酶基因型檢測方法,其特征在于,具體步驟為:
步驟1.檢測的樣品類型與采樣方法:
用采樣拭刮被測者口腔中左右兩腮各20次,以采集口腔粘膜上皮細(xì)胞樣本;
步驟2.基因組DNA的抽提方法:
采用硅膠吸附法抽提每一個被測者口腔上皮細(xì)胞樣本的基因組DNA,時間為2小時-2.5小時,經(jīng)電泳檢測后,肉眼可見清晰白色條帶即進(jìn)入下一步檢測;
步驟3.基因分型:
采用PCR技術(shù)、凝膠電泳技術(shù)以及熒光定量PCR技術(shù)對谷胱甘肽硫轉(zhuǎn)移酶類家族MU類GSTM1基因、THETA類GSTT1基因和PI類GSTP1基因位點進(jìn)行分型:
步驟3-1,PCR反應(yīng)體系:
將每一個被測者樣本放入1個反應(yīng)孔,加入PCR標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)體系,同時檢測GSTM1和GSTT1基因,Albumin基因作為陽性對照,標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)體系的引物濃度為10uM,反應(yīng)體系總體積為20ul,由PCR試劑5ul,GSTM1基因、GSTT1基因和Albumin基因的正反向引物各0.4ul,20ng/μl的步驟2得到的DNA模板3μl和去離子水9.6ul組成;
GSTM1基因正向和反向引物:
正向引物:GAACTCCCTGAAAAGCTAAGC
反向引物:GTTGGGCTCAAATATACGGTGG
GSTT1基因正向和反向引物:
正向引物:TTCCTTACTGGTCCTCACATCTC
反向引物:TCACCGGATCATGGCCAGCA
Albumin基因正向和反向引物:
正向引物:GCCCTCTGCTAACAAGTCCTAC
反向引物:GCCCTAAAAAGAAAATCCCCAATC
步驟3-2,PCR反應(yīng)條件:
將反應(yīng)孔在ABI9700型PCR擴(kuò)增儀上進(jìn)行反應(yīng),反應(yīng)條件為95℃預(yù)熱15分鐘;再進(jìn)行35個循環(huán)的95℃、45秒;60℃、45秒;72℃、60秒;72℃、7分鐘后,降溫至4℃;
步驟3-3,將反應(yīng)孔在PCR擴(kuò)增儀反應(yīng)后的產(chǎn)物進(jìn)行電泳檢測:
a.1%瓊脂糖凝膠插小號孔梳子;
b.2000bpDNA標(biāo)記物6ul;
c.步驟3-2的PCR產(chǎn)物10ul加入電泳緩沖液1ul;
d.電泳電壓:120v;
e.電泳時間:20min拍攝一張電泳圖;30min拍攝一張電泳圖;GSTM1基因目的條帶為219bp;GSTT1基因目的條帶為480bp;Albumin基因目的條帶為350bp;
步驟3-4,熒光定量PCR反應(yīng):
將每一個被測者樣本放入1個反應(yīng)孔,檢測GSTP1?rs1695位點基因多態(tài)性,并增設(shè)2個不含DNA模版的NTC空白對照孔;
在每一個反應(yīng)孔中加入試劑為熒光定量PCR反應(yīng)體系,總體積為10μl,即濃度為20ng/μl的DNA模板2μl、10×熒光定量PCR反應(yīng)緩沖液1μl、25mM合成DNA的四種脫氧核苷酸底物dNTP?0.1μl、25mM氯化鎂溶液0.5μl、Taq?DNA聚合酶0.02μl、20μM的正向引物和反向引物各0.5μl、10μM的帶VIC熒光A型探針和帶FAM熒光G型探針各0.25μl和去離子水4.88μl;
其中,帶FAM熒光G型探針序列為TGCAAATACaTCTCCC,帶FAM熒光G型探針序列為TGCAAATACgTCTCCC,GSTP1基因正向引物為CCTGGTGGACATGGTGAATGAC,反向引物為CCGCCTCATAGTTGGTGTAGATG;
將反應(yīng)孔和空白對照孔在ABI9700型PCR擴(kuò)增儀上進(jìn)行反應(yīng),先進(jìn)行預(yù)熱:50℃、2分鐘,95℃、10分鐘,然后再進(jìn)行60個循環(huán)的95℃、30秒,60℃、1分鐘,反應(yīng)結(jié)束,取出后再放入ABI7900型熒光定量PCR儀上讀取樣品熒光量,得到在谷胱甘肽硫轉(zhuǎn)移酶P1rs1695圖;
步驟4:數(shù)據(jù)讀?。?/p>
在步驟3-3中得到的電泳圖中,觀察GSTM1基因以及GSTM1基因是否缺失;若存在GSTM1基因缺失或GSTM1基因缺失,谷胱甘肽硫轉(zhuǎn)移酶活性低;
將步驟3-4得到的谷胱甘肽硫轉(zhuǎn)移酶P1?rs1695圖與NTC空白對照進(jìn)行比較,存在純VIC熒光信號、VIC和FAM雜合熒光信號以及純FAM熒光信號,分別代表該位點三種不同的基因型,即AA基因型、AG基因型和GG基因型;若檢測結(jié)果點位于坐標(biāo)軸左上區(qū)域,則為GG基因型,若檢測結(jié)果點位于坐標(biāo)軸右上區(qū)域,則為AG基因型,若檢測結(jié)果點位于坐標(biāo)軸右下區(qū)域,則為AA基因型;若為GG基因型,谷胱甘肽硫轉(zhuǎn)移酶活性低。
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