本發明涉及編碼真菌液泡蛋白酶的基因。特別是本發明涉及絲狀子囊菌類或半知菌類真菌，例如曲霉屬的羧肽酶基因。

真菌液泡是含有許多水解酶，包括數種蛋白酶的酸性器官，并且基本上等同于哺乳動物的溶酶體。已經鑒定并表征了特別是酵母的一種或多種真菌的水解酶；這些包括蛋白酶A(PEPA或PrA)，蛋白酶B(PrB)或氨肽酶(APE)，二肽基氨肽酶B(DPAPB)，羧肽酶Y(CPY)和羧肽酶S(CPS)。大多數液泡水解酶是作為非活性前體而合成的糖蛋白。事實上，除APE外，上述所有提到的蛋白酶都有導致過渡通過分泌途徑的信號肽。在晚期高爾基體中，液泡蛋白與分泌蛋白分開，然后最終輸送到液泡中。除信號肽外，大多數液泡蛋白還含有輸送到液泡后被裂解以產生成熟活性酶的原肽。已經證實在原肽中存在PrA和CPY對于以液泡為靶所需的氨基酸信息(Johnson?et?al.，Cell?48：875-885，1987；Rothman?etal.，PNAS?USA?83：3248-3252，1989；Valls?et?al.，Cell?48：887-897；Valls?et?al.J.Cell?Biol.111：361-368，1987)。對于CPY，已經表明有四個氨基酸殘基(QRPL)對于定位于液泡是必需的(Valls?etal.J.Cell?Biol.111：361-368，1990)。一旦輸送到液泡后，蛋白酶A(pep4)裂解CPY和PrB的原肽以便激活蛋白酶(Ammerer?et?al.，Mol.Cell.Biol.6：2490-2499，1986；Woolford?et?al.，Mol.Cell.Biol.6：2500-2510)。

在啤酒酵母中，已鑒定了錯定位或錯分類液泡蛋白的三類突變體(Bankaitis?et?al.，PNAS?USA?83：9075-9079，1986；Robinson?et?al.，Mol.Cell.Biol.，8：4936-4948，1988；Rothman?et?al.，EMBOJ.8：2057-2065，1989；Rothman?and?Steven，Cell?47：1041-1051，1986)。這些突變體被稱為vps或液泡蛋白分類突變體。利用一種選擇來分離數個這樣的突變體，所述選擇是基于觀察到質粒上的高拷貝液泡蛋白酶的過表達會導致分泌液泡蛋白酶(Steven?etal.，J.Cell?Biol.，102：1551-1557，1986：Rothman?et?al，PNAS?USA83：3248-3241，1986)。這表明在晚期高爾基體中可能有飽和分類機制。

在啤酒酵母中，還表明，缺失PEP4，CPY和PrB的菌株由于所需產物蛋白水解的減少生產較高水平的異源蛋白質。因此，由于生產所研究的液泡蛋白酶的真菌被用于重組生產異源蛋白，因而從商業角度看，所述液泡蛋白酶是很重要的。在發酵中這些蛋白酶的存在是很令人頭痛的，因為它們還可以降解所需的蛋白質，從而明顯降低生產率。通過破碎或缺失編碼其的基因可以有利于消除任何已有蛋白質的功能；但是，這樣做首先要鑒定并分離在所需宿主中的相應的基因。如上所述，從各種酵母菌株中只鑒定了很少的所述基因；然而，在絲狀子囊菌或半知菌中編碼液泡蛋白酶的基因很少有人知道。例如，已經分離了編碼另兩種黑曲霉液泡蛋白酶的PEPC(Frederich?et?al.，Gene?125：57-64，1993)和PEPE(Jarai?et?al.，Gene?145：171-178，1994)基因。PEPC編碼蛋白酶B(PrB)同系物，PEPE編碼蛋白酶A的同系物。也已經克隆了編碼PrA同系物的Neutospora?Crassa的PEP4基因(Bowman，17th?funga；Genetics?Conference，1993)。本文首次描述了來自絲狀子囊菌或半知菌的編碼液泡CPY的基因。