[發(fā)明專利]真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析方法及系統(tǒng)在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 202110271328.7 | 申請日： | 2021-03-12 |
| 公開（公告）號： | CN113035277A | 公開（公告）日： | 2021-06-25 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 劉健;孫嘉良;陳嬌 | 申請（專利權(quán)）人： | 南開大學(xué) |
| 主分類號： | G16B30/10 | 分類號： | G16B30/10;G16B30/20;G16B40/00;G16B50/10 |
| 代理公司： | 濟(jì)南圣達(dá)知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 37221 | 代理人： | 閆圣娟 |
| 地址： | 300071 天津*** | 國省代碼： | 天津;12 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 真菌 基因組 序數(shù) 自動 分析 方法 系統(tǒng) | ||
1.一種真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析方法，其特征在于，包括：
獲取真菌基因組測序數(shù)據(jù)，判斷測序數(shù)據(jù)類型；
根據(jù)測序數(shù)據(jù)的類型分別進(jìn)行相應(yīng)預(yù)處理；
將預(yù)處理后的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行組裝，得到組裝后的contigs；
基于基因組序列對比對contigs的相似參考基因組進(jìn)行初步篩選，獲得候選參考基因組；
利用MinHash數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)從候選參考基因組中估算所述contigs的相似參考基因組，實(shí)現(xiàn)真菌基因組鑒定；并利用獲得的相似參考基因組對所述contigs進(jìn)行下游分析；實(shí)現(xiàn)真菌基因組測序數(shù)據(jù)的自動分析。
2.如權(quán)利要求1所述的一種真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析方法，其特征在于，所述基因組序列對比具體包括：
構(gòu)建真菌參考基因組數(shù)據(jù)集，并建立真菌參考基因組數(shù)據(jù)集的索引；
對于組裝后的contigs，與所述真菌參考基因組數(shù)據(jù)集進(jìn)行基因組比對；
根據(jù)比對結(jié)果計算相似參考基因組的分?jǐn)?shù)，根據(jù)所述分?jǐn)?shù)進(jìn)行相似參考基因組的初步篩選。
3.如權(quán)利要求1所述的一種真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析方法，其特征在于，利用MinHash數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)從候選參考基因組中估算所述contigs的相似參考基因組，具體包括：將contigs序列片段和所有候選參考基因組中的序列片段剪切成預(yù)設(shè)長度的小片段后存入哈希表中；然后計算兩個序列片段存入的哈希表的相似度，將相似度最高的候選參考基因組作為相似的參考基因組。
4.如權(quán)利要求1所述的一種真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析方法，其特征在于，所述方法還包括真菌基因組注釋，具體包括：
根據(jù)測序數(shù)據(jù)類型分別利用相應(yīng)注釋工具對真菌基因組進(jìn)行處理；
通過比對得到的對齊起止位置和相似參考基因組對應(yīng)的蛋白質(zhì)注釋文件中包含的CDS位置，自動獲得相對于相似參考基因組的CDS注釋信息。
5.如權(quán)利要求1所述的一種真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析方法，其特征在于，所述預(yù)處理具體包括序列質(zhì)量評估、序列質(zhì)量控制和質(zhì)量控制后的序列質(zhì)量評估。
6.如權(quán)利要求1所述的一種真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析方法，其特征在于，所述數(shù)據(jù)類型包括短讀長測序數(shù)據(jù)和長讀長測序數(shù)據(jù)。
7.一種真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析系統(tǒng)，其特征在于，包括：
數(shù)據(jù)獲取單元，其用于獲取真菌基因組測序數(shù)據(jù)，判斷測序數(shù)據(jù)類型；
預(yù)處理單元，其用于根據(jù)測序數(shù)據(jù)的類型分別進(jìn)行相應(yīng)預(yù)處理；
相似參考基因組鑒定單元，其用于將預(yù)處理后的測序數(shù)據(jù)進(jìn)行組裝，得到組裝后的contigs，基于基因組序列對比對contigs的相似參考基因組進(jìn)行初步篩選，獲得候選參考基因組；利用MinHash數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)從候選參考基因組中估算所述contigs的相似參考基因組；
自動分析單元，其用于實(shí)現(xiàn)真菌基因組鑒定；并利用獲得的相似參考基因組對所述contigs進(jìn)行下游分析；實(shí)現(xiàn)真菌基因組測序數(shù)據(jù)的自動分析。
8.如權(quán)利要求7所述的一種真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析系統(tǒng)，其特征在于，所述真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析系統(tǒng)還包括真菌基因組注釋單元，其用于根據(jù)測序數(shù)據(jù)類型分別利用相應(yīng)注釋工具對真菌基因組進(jìn)行注釋。
9.如權(quán)利要求7所述的一種真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析系統(tǒng)，其特征在于，所述預(yù)處理具體包括序列質(zhì)量評估、序列質(zhì)量控制和質(zhì)量控制后的序列質(zhì)量評估。
10.一種計算機(jī)可讀指令，其特征在于，該程序被處理器執(zhí)行時實(shí)現(xiàn)如權(quán)利要求1-6任一項(xiàng)所述的一種真菌基因組測序數(shù)據(jù)自動分析方法。
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