本發(fā)明涉及玉米南方銹菌多態(tài)性SSR標(biāo)記及其應(yīng)用，具體提供12對具有多態(tài)性的玉米南方銹菌SSR標(biāo)記。本發(fā)明所提供的玉米南方銹菌12對多態(tài)性SSR標(biāo)記彌補(bǔ)了沒有玉米南方銹菌SSR標(biāo)記的缺陷。本發(fā)明篩選出的12對多態(tài)性SSR標(biāo)記為玉米南方銹菌的分子生物學(xué)研究提供基礎(chǔ)，能夠有效從分子水平上確定玉米南方銹菌傳播途徑，并指導(dǎo)玉米南方銹菌防治；對減少玉米產(chǎn)量損失，減少農(nóng)藥使用量具有重要意義。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及分子生物學(xué)與群體遺傳學(xué)領(lǐng)域，具體涉及一種玉米南方銹菌多態(tài)性SSR標(biāo)記。

背景技術(shù)

玉米南方銹菌的夏孢子能夠通過借助氣流進(jìn)行遠(yuǎn)距離傳播，其夏孢子可以隨氣流到達(dá)15,000英尺的高度進(jìn)行傳播。玉米南方銹病在我國由南向北依次發(fā)生，因此該病在我國極有可能存在由南往北的傳播。玉米南方銹菌群體遺傳學(xué)的研究可以明確玉米南方銹菌的傳播路徑，為玉米南方銹菌的防治提供科學(xué)指導(dǎo)。

世界上應(yīng)用分子方法和群體遺傳學(xué)手段對玉米南方銹菌的群體結(jié)構(gòu)研究實例極少，主要是由于遺傳標(biāo)記的缺乏。比如至今沒有有關(guān)SSR標(biāo)記或SNP標(biāo)記的報道，前人多使用RFLP和ISSR標(biāo)記來研究玉米南方銹菌。

在日本，利用ITS1和ITS2區(qū)域的RFLP標(biāo)記研究采自日本的14個玉米南方銹菌菌株，發(fā)現(xiàn)在日本至少有2個群體(Hirayae et al.,1998)。在泰國，利用5對ISSR標(biāo)記對采自泰國8個不同省份的38個菌株進(jìn)行群體遺傳分析，結(jié)果顯示該38個樣品可劃分為13個群體(Unartngam,2011)。郭云艷等(2013)利用18對ISSR引物對我國12個省份的72個菌株進(jìn)行群體遺傳分析，發(fā)現(xiàn)72個菌株被劃分為2個群5個亞群和10個組，菌株群體間存在較高的遺傳變異。

ISSR引物可以用做群體遺傳結(jié)構(gòu)分析，但其數(shù)據(jù)類型不適合用于玉米南方銹菌傳播或遷移方面的推測，也不符合傳播研究所需的統(tǒng)計方法和軟件對數(shù)據(jù)的要求。RFLP方法更費時、費力，需要進(jìn)行DNA多種酶切、轉(zhuǎn)膜以及探針的制備等多個步驟，僅對基因組單拷貝序列進(jìn)行鑒定。群體遺傳學(xué)研究特別是菌源傳播研究的最有力的標(biāo)記只有SSR和SNP兩類標(biāo)記，但目前沒有玉米南方銹菌多態(tài)性SSR標(biāo)記，主要原因是目前沒有玉米南方銹菌的全基因組序列或轉(zhuǎn)錄組序列，因此，沒法根據(jù)基因序列設(shè)計并合成SSR標(biāo)記。

SSR標(biāo)記為共顯性標(biāo)記，SSR標(biāo)記為重復(fù)序列，因此具有高度的專一性與特異性，多態(tài)性豐富，重復(fù)性好等特點。應(yīng)用SSR標(biāo)記研究病原菌群體的遺傳結(jié)構(gòu)并通過深入分析探討病原菌傳播的規(guī)律，能夠有效確定玉米南方銹病在我國的傳播路徑。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明開發(fā)了12對玉米南方銹菌多態(tài)性SSR標(biāo)記，用于玉米南方銹菌群體遺傳學(xué)和傳播路徑的研究。

本發(fā)明的第一方面提供玉米南方銹菌SSR標(biāo)記，擴(kuò)增所述玉米南方銹菌SSR標(biāo)記的引物對如SEQ ID No.1-2、SEQ ID No.3-4、SEQ ID No.5-6、SEQ ID No.7-8、SEQ ID No.9-10、SEQ ID No.11-12、SEQ ID No.13-14、SEQ ID No.15-16、SEQ ID No.17-18、SEQ IDNo.19-20、SEQ ID No.21-22、SEQ ID No.23-24所示。

本發(fā)明第二方面提供玉米南方銹菌SSR標(biāo)記的組合，由表1所述玉米南方銹菌SSR標(biāo)記的兩個或多個組成。

本發(fā)明第三方面提供用于擴(kuò)增玉米南方銹菌SSR標(biāo)記的引物，如SEQ ID No.1-24所示：

F:AAAGGACCGACGCAAGAGAG(SEQ ID No.1)，

R:CCGATCGAGTCCAATACCCG(SEQ ID No.2)；

F:GCTTGCGATTGAAGGCTACG(SEQ ID No.3)，

R:CGAGGGAGACGAAGAAGGTG(SEQ ID No.4)；