本發明提供了一組與豬總產仔數性狀相關的分子標記及其組合應用，所述分子標記組合包括rs318687930、rs346259996和rs332860516處的SNP位點。通過檢測豬rs318687930、rs346259996和rs332860516處基因型，根據基因型能夠預測豬總產仔數的高低，利于提高優秀母豬的選種效率，加快高總產仔數豬的育種過程。

技術領域

本發明涉及豬育種領域，具體涉及用來提高豬繁殖效率的與豬總產仔數性狀相關的SNP分子標記及其組合應用。

背景技術

母豬的繁殖性能在很大程度上影響著現代化規模養豬的生產能力和效益，因此成為評價養豬業經濟效益的一個重要指標，但是，母豬繁殖能力受到多種因素的調控和影響，包括遺傳因素、營養水平、飼養管理和環境狀況等。就遺傳因素而言，母豬的繁殖性狀屬于低遺傳力性狀，例如產仔數的遺傳力僅在0.11左右，難以實現早期選育。而單核苷酸多態性(SNP)作為一種廣泛存在于動植物基因組中的基因遺傳變異，其多態性具有準確性高、穩定性強以及可實現早期選擇的優點，使得我們可以利用它在篩選繁殖性能優秀的母豬時進行早期選留。豬的繁殖性狀屬于數量性狀，受多個基因控制，隨著豬全基因組測序以及基因組圖譜繪制的完成，為SNP的檢測提供了強有力的工具，將其作為遺傳標記應用于優秀母豬的選育，對復雜性狀的遺傳變異具有較大的研究意義。

Luman募集因子(Luman Recruting Factor，LRF)是近年來發現的一個轉錄因子，因其C端區域能夠與Luman亮氨酸拉鏈區域相結合，促進Luman降解而得名，而Luman是CREB家族中的成員CREB3，因此LRF又叫做CREBRF。目前對CREBRF的研究實驗主要集中在小鼠上，前人研究表明，CREBRF在小鼠生殖系統中呈現時空表達特征，CREBRF基因敲除雌性小鼠在哺乳期存在嚴重的母性行為缺失，乳腺發育缺陷以及顯著的糖皮質激素受體(GR)信號增強。母鼠因缺少照顧幼崽的本能，導致80％的幼崽在出生后24h內死亡，初產的CREBRF基因敲除母鼠也顯示出更多的與照顧幼鼠無關的活動；在機體內質網應激反應中，CREBRF能夠募集Luman進入CREBRF的核小體，以阻止Luman的活化作用，加速Luman的降解，對ER-stress(endoplasmic reticulum stress，內質網應激反應)與UPR(Unfolded Protein Response，未折疊蛋白反應)起到負反饋調節作用，進而可能在ERS(endoplasmic reticulum stress，內質網應激反應)誘導的顆粒細胞凋亡中具有負反饋調節作用。

基于前期的研究和相關報道，我們可以看出CREBRF基因在機體代謝以及哺乳動物繁殖過程中的生物學功能在豬上幾乎沒有報道，其在母豬繁殖性能方面的調控作用以及分子機制還有待揭示。

為此，本發明的目的在于明確與母豬繁殖效率特別是總產仔數相關的基因，提供與母豬的總產仔數相關的SNP分子標記及其單倍型；同時提供一種高繁殖效率豬的選育方法，利用該SNP分子標記及其單倍型選育種豬，實現我國豬育種理論和技術水平的提升。

發明內容

針對上述問題，本發明人進行了銳意研究，對CREBRF基因的多態性與重要的繁殖性狀進行了關聯分析，首次在該豬基因中找到了與總產仔數相關的SNP分子標記及其單倍型，以應用于優秀母豬的篩選育種，提高優秀母豬的選種效率，從而完成本發明。

本發明的目的在于提供以下方面：

(1)一種與豬總產仔數相關的遺傳標記組合，所述遺傳標記組合包括以下SNP位點：

位于豬16號染色體的51174074位的SNP位點，Ensembl參考SNP編號為rs318687930；

位于豬16號染色體的51182920位的SNP位點，Ensembl參考SNP編號為rs346259996；

位于豬16號染色體的51206449位的SNP位點，Ensembl參考SNP編號為rs332860516。