[發明專利]使用水凝膠珠的DNA測序在審
| 申請號： | 201980003334.5 | 申請日： | 2019-02-11 |
| 公開（公告）號： | CN111094589A | 公開（公告）日： | 2020-05-01 |
| 發明（設計）人： | 吳怡萱;F·戈爾佩-亞薩爾;T·K·庫拉納;V·波皮克;E·B·耶格;M·羅納格希 | 申請（專利權）人： | 伊魯米納公司 |
| 主分類號： | C12Q1/6834 | 分類號： | C12Q1/6834 |
| 代理公司： | 北京市金杜律師事務所 11256 | 代理人： | 陳文平;徐志明 |
| 地址： | 美國加利*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 使用 凝膠 dna 測序 | ||
1.一種用于進行DNA反應的水凝膠珠，其包含:
水凝膠聚合物前體；
交聯劑；以及
布置在所述水凝膠珠內的DNA，其中所述珠包含允許試劑通過所述珠擴散而同時保留所述DNA的孔隙。
2.如權利要求1所述的珠，其中所述珠的直徑為約50μm至約150μm。
3.如權利要求1-2中任一項所述的珠，其中所述水凝膠聚合物包含聚乙二醇(PEG)-硫醇/PEG-丙烯酸酯、丙烯酰胺/N,N'-雙(丙烯酰基)胱胺(BACy)、PEG/聚環氧丙烷(PPO)、聚丙烯酸、聚(羥乙基甲基丙烯酸酯)(PHEMA)、聚(甲基丙烯酸甲酯)(PMMA)、聚(N-異丙基丙烯酰胺)(PNIPAAm)、聚(乳酸)(PLA)、聚(乳酸-共-乙醇酸)(PLGA)、聚己內酯(PCL)、聚(乙烯基磺酸)(PVSA)、聚(L-天冬氨酸)、聚(L-谷氨酸)、聚賴氨酸、瓊脂、瓊脂糖、藻酸鹽、肝素、硫酸藻酸鹽、硫酸葡聚糖、透明質酸、果膠、角叉菜膠、明膠、殼聚糖、纖維素或膠原蛋白。
4.如權利要求1-3中任一項所述的珠，其中所述交聯劑包含雙丙烯酰胺、二丙烯酸酯、二烯丙基胺、三烯丙基胺、二乙烯基砜、二乙二醇二烯丙基醚、乙二醇二丙烯酸酯、聚亞甲基二醇二丙烯酸酯、聚乙二醇二丙烯酸酯、三羥甲基丙烷三甲基丙烯酸酯、乙氧基化三羥甲基三丙烯酸酯或乙氧基化季戊四醇四丙烯酸酯。
5.如權利要求1-4中任一項所述的珠，其中所述DNA是50000個堿基對或更大的長DNA分子。
6.如權利要求1-5中任一項所述的珠，其中所述試劑包括酶、化學物質和小于50個堿基對的引物。
7.如權利要求1-6中任一項所述的珠，其中所述試劑包括溶菌酶、蛋白酶K、隨機六聚體、聚合酶(Φ29DNA聚合酶、Taq聚合酶、Bsu聚合酶)、轉座酶(Tn5)、引物(P5和P7接頭序列)、連接酶、催化酶、脫氧核苷酸三磷酸、緩沖劑或二價陽離子。
8.一種用于執行DNA測序的流動池裝置，其包括:
包括表面的固體支持物，包封DNA的可降解水凝膠沉積在該表面上，其中所述可降解水凝膠包含孔隙，該孔隙的大小設計為允許試劑通過所述水凝膠擴散，但太小而無法允許DNA穿過所述孔隙。
9.如權利要求8所述的流動池裝置,其中所述固體支持物用表面聚合物功能化。
10.如權利要求9所述的流動池裝置，其中所述表面聚合物為聚(N-(5-疊氮基乙酰胺基戊基)丙烯酰胺-共-丙烯酰胺)(PAZAM)或無硅烷丙烯酰胺(SFA)。
11.如權利要求8-10中任一項所述的流動池裝置，其中所述流動池包括圖案化表面。
12.如權利要求11所述的流動池裝置，其中所述圖案化表面包括孔。
13.如權利要求12所述的流動池裝置，其中所述孔直徑為約10μm到約50μm，如直徑為10μm、15μm、20μm、25μm、30μm、35μm、40μm、45μm或50μm，或上述任意兩個值定義的范圍內的直徑，且其中所述孔深度為約0.5μm到約1μm，如深度為0.5μm、0.6μm、0.7μm、0.8μm、0.9μm或1μm，或上述任意兩個值定義的范圍內的深度。
14.如權利要求11-12中任一項所述的流動池裝置，其中所述孔由疏水性材料組成。
15.如權利要求14所述的流動池裝置，其中所述疏水性材料包括無定形含氟聚合物，如CYTOP、或
16.如權利要求8-15中任一項所述的流動池裝置，其中所述可降解水凝膠為水凝膠珠或水凝膠層。
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