[發明專利]雜交捕獲效率評估模型、其構建方法及應用有效
| 申請號： | 201911425465.0 | 申請日： | 2019-12-31 |
| 公開（公告）號： | CN111154840B | 公開（公告）日： | 2022-07-12 |
| 發明（設計）人： | 趙靜波;王曉璐;李偉偉;方楠;伍啟熹;王建偉;劉倩;唐宇 | 申請（專利權）人： | 北京優迅醫學檢驗實驗室有限公司 |
| 主分類號： | C12Q1/6851 | 分類號： | C12Q1/6851;C12Q1/6876 |
| 代理公司： | 北京康信知識產權代理有限責任公司 11240 | 代理人： | 路秀麗 |
| 地址： | 100195 北京市海淀區*** | 國省代碼： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 雜交 捕獲 效率 評估 模型 構建 方法 應用 | ||
1.一種構建雜交捕獲效率評估模型的方法，其特征在于，所述方法包括：
篩選非目標捕獲序列；
對多個已知捕獲效率的雜交捕獲文庫中的非目標捕獲序列的模板進行定量，得到多個定量結果；
根據多個所述定量結果與多個所述雜交捕獲文庫的已知捕獲效率做相關性分析并制作擬合曲線，建立定量結果與雜交捕獲效率之間的關系模型，所述關系模型即為雜交捕獲效率評估模型；
其中，篩選所述非目標捕獲序列包括：
A)選擇多個候選非目標序列，對每個所述候選非目標序列進行如下步驟a)和b)，得到多個關系模型：
a)在多個所述已知捕獲效率的雜交捕獲文庫中，對所述非目標序列的模板進行定量，得到多個定量結果；
b)根據多個所述定量結果與多個所述雜交捕獲文庫的已知捕獲效率，建立定量結果與雜交捕獲效率之間的關系模型；
B)選擇多個所述關系模型中定量結果與雜交捕獲效率之間相關性最強的一個所對應的所述候選非目標序列，作為所述非目標捕獲序列；
所述非目標捕獲序列選自看家基因的序列，所述非目標捕獲序列的長度為60-150bp。
2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，采用PCR的方法對所述非目標捕獲序列的模板進行定量。
3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，采用qPCR或數字PCR的方法對所述非目標捕獲序列的模板進行定量。
4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，
采用qPCR的方法對所述非目標捕獲序列的模板進行定量，得到多個Ct值；
根據多個所述Ct值與多個所述雜交捕獲文庫的已知捕獲效率，建立Ct值與雜交捕獲效率之間的關系模型。
5.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述看家基因選自ACTB、GAPDH、GUSB、RPLPO、TFRC、CTNNB1、NONO及ALDOA中的一個或多個。
6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，
對RPLPO基因的序列進行定量時采用的引物序列為SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2；
對ACTB基因的序列進行定量時采用的引物序列為SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4；
對GAPDH基因的序列進行定量時采用的引物序列為SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6；
對GUSB基因的序列進行定量時采用的引物序列為SEQ ID NO:7和SEQ ID NO:8；
對TFRC基因的序列進行定量時采用的引物序列為SEQ ID NO:9和SEQ ID NO:10。
7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，所述非目標捕獲序列的長度為80～120bp。
8.一種雜交捕獲評估模型，其特征在于，所述雜交捕獲效率評估模型由權利要求1至7中任一項所述的方法構建而成。
9.一種評估雜交捕獲效率的方法，其特征在于，所述方法包括：
對待評估的雜交捕獲文庫中的非目標捕獲序列的模板進行定量，得到定量結果；
將所述定量結果代入雜交捕獲效率評估模型，得到所述雜交捕獲效率；
其中，所述雜交捕獲效率評估模型為權利要求1至7中任一項所述的方法構建而成；所述待評估的雜交捕獲文庫中的非目標捕獲序列與所述雜交捕獲效率評估模型所用的非目標捕獲序列一致。
10.權利要求9所述的評估雜交捕獲效率的方法在雜交捕獲文庫構建或文庫雜交捕獲相關試劑研發中的應用。
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