本申請(qǐng)適用于生物信息技術(shù)領(lǐng)域，一種宏基因組的重組裝方法、重組裝裝置及終端設(shè)備，包括：獲取經(jīng)過(guò)基因組裝處理和宏基因組分箱處理后的初始基因組集合，所述初始基因組集合中包括多個(gè)微生物基因組；提取所述初始基因組集合中每個(gè)物種的非冗余基因組，其中，所述非冗余基因組為所屬物種對(duì)應(yīng)的目標(biāo)基因個(gè)數(shù)最多的微生物基因組；對(duì)各個(gè)非冗余基因組分別進(jìn)行重組裝處理，得到重組裝后的微生物基因組。通過(guò)上述方法，能夠得到質(zhì)量較高的微生物基因組，進(jìn)而為后續(xù)的基因研究提供了可靠的研究對(duì)象。

技術(shù)領(lǐng)域

本申請(qǐng)屬于生物信息技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種宏基因組的重組裝方法、重組裝裝置及終端設(shè)備。

背景技術(shù)

宏基因組是環(huán)境中全部微小生物遺傳物質(zhì)的總和，包含了可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物的基因。以宏基因組為研究對(duì)象的研究方法稱(chēng)為宏基因組學(xué)，該方法不需要進(jìn)行微生物培養(yǎng)，可以直接對(duì)取自環(huán)境樣品中的核苷酸序列進(jìn)行分析和研究。

目前，宏基因組學(xué)包括提取環(huán)境樣品中的基因組數(shù)據(jù)(如核苷酸序列)、對(duì)提取的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行測(cè)序得到基因測(cè)序序列、對(duì)基因測(cè)序序列進(jìn)行基因組裝處理得到重疊群、對(duì)重疊群進(jìn)行宏基因組分箱處理得到微生物基因組、以及對(duì)得到的微生物基因組進(jìn)行基因研究等。但是，通過(guò)現(xiàn)有的宏基因組分箱方法得到的微生物基因組缺少較多的基因特征，微生物基因組的質(zhì)量較差，無(wú)法為后續(xù)的基因研究提供可靠的研究對(duì)象。

發(fā)明內(nèi)容

本申請(qǐng)實(shí)施例提供了一種宏基因組的重組裝方法、重組裝裝置及終端設(shè)備，可以解決現(xiàn)有的宏基因組分箱方法得到的微生物基因組的質(zhì)量較差的問(wèn)題。

第一方面，本申請(qǐng)實(shí)施例提供了一種宏基因組的重組裝方法，包括：

獲取經(jīng)過(guò)基因組裝處理和宏基因組分箱處理后的初始基因組集合，所述初始基因組集合中包括多個(gè)微生物基因組；

提取所述初始基因組集合中每個(gè)物種的非冗余基因組，其中，所述非冗余基因組為所屬物種對(duì)應(yīng)的目標(biāo)基因個(gè)數(shù)最多的微生物基因組；

對(duì)各個(gè)非冗余基因組分別進(jìn)行重組裝處理，得到重組裝后的微生物基因組。

在第一方面的一種可能的實(shí)現(xiàn)方式中，所述初始基因組集合中包括M×H個(gè)子集合，其中，M為基因組裝方法的種類(lèi)數(shù)，H為N種宏基因組分箱方法的參數(shù)的總和，L_n為第n種宏基因組分箱方法的參數(shù)的個(gè)數(shù)，基于第m種基因組裝方法進(jìn)行基因組裝處理、并基于第h個(gè)參數(shù)以及第h個(gè)參數(shù)對(duì)應(yīng)的宏基因組分箱方法進(jìn)行宏基因組分箱處理后得到的至少一個(gè)微生物基因組為一個(gè)子集合，M、H、N和L_n均為正整數(shù)，mM，hH。

在第一方面的一種可能的實(shí)現(xiàn)方式中，所述初始基因組集合包括M個(gè)第一集合，每個(gè)第一集合包括基于相同的基因組裝方法處理得到的微生物基因組，所述提取所述初始基因組集合中每個(gè)物種的非冗余基因組，包括：

提取每個(gè)第一集合中的每個(gè)物種的非冗余基因組，得到第二集合，所述第二集合包括從M個(gè)第一集合中提取的非冗余基因組；

提取所述第二集合中的每個(gè)物種的非冗余基因組。

在第一方面的一種可能的實(shí)現(xiàn)方式中，對(duì)于所述第一集合和所述第二集合中的任一集合，提取所述集合中每個(gè)物種的非冗余基因組，包括：

分別計(jì)算所述集合中每個(gè)微生物基因組的測(cè)序覆蓋率，并根據(jù)所述測(cè)序覆蓋率將所述集合中的各個(gè)微生物基因組劃分為多個(gè)物種，每個(gè)物種包括K個(gè)微生物基因組；

對(duì)于每個(gè)物種，當(dāng)K＝1時(shí)，確定屬于所述物種的一個(gè)微生物基因組為所述物種的非冗余基因組；

當(dāng)K1時(shí)，確定屬于所述物種的K個(gè)微生物基因組中目標(biāo)基因個(gè)數(shù)最多的微生物基因組為所述物種的非冗余基因組；