[發明專利]病原微生物基因組數據庫及其建立方法有效
| 申請號： | 201910779825.0 | 申請日： | 2019-08-22 |
| 公開（公告）號： | CN110473594B | 公開（公告）日： | 2020-05-05 |
| 發明（設計）人： | 許騰;陳文景;李永軍;王小銳;蘇杭 | 申請（專利權）人： | 廣州微遠基因科技有限公司 |
| 主分類號： | G16B35/10 | 分類號： | G16B35/10 |
| 代理公司： | 廣州新諾專利商標事務所有限公司 44100 | 代理人： | 李海恬 |
| 地址： | 510130 廣東省廣州市高新技術產業開發*** | 國省代碼： | 廣東;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 病原微生物 基因組 數據庫 及其 建立 方法 | ||
1.一種病原微生物基因組數據庫的建立方法，其特征在于，包括以下步驟：
數據獲取：獲取病原微生物基因組數據；
菌株基因組篩選：按照預定篩選規則選取物種菌株基因組；
去除質粒序列：去除上述菌株基因組中存在的質粒序列；
過濾：按照預定過濾規則，去除標注信息有誤、染色體組裝不完整，以及分類錯誤的菌株，得到該物種的參考菌株基因組；
構建融合基因組：將上述參考菌株基因組打斷，得到序列集，將上述序列集中的序列通過比較去除冗余，再對非冗余數據集進行組裝得到重新組裝的基因組，并過濾低質量的Contigs，根據長度將Contigs從大到小重新拼接，得到該物種的融合基因組；
組庫：重復上述步驟，得到預定物種的融合基因組，匯總，即得病原微生物基因組數據庫。
2.根據權利要求1所述的病原微生物基因組數據庫的建立方法，其特征在于，所述數據獲取步驟中，所述病原微生物基因組數據來源于PATRIC數據庫和/或NCBI的RefSeq和Genbank數據庫中分類為archaea、bacteria、fungi、protozoa和viral的基因組數據。
3.根據權利要求1所述的病原微生物基因組數據庫的建立方法，其特征在于，所述菌株基因組篩選步驟中，所述篩選規則為：
如物種具有若干個菌株基因組數據，則選取組裝完成且組裝質量高的菌株基因組數據；
如物種僅有單個菌株基因組數據，則直接選取該菌株基因組數據。
4.根據權利要求1所述的病原微生物基因組數據庫的建立方法，其特征在于，所述過濾步驟中，所述過濾規則包括勘誤過濾規則，所述勘誤過濾規則為：
如物種為多菌株基因組的物種，統計各菌株基因組的Chromosome和Contig數量，若Contig數量大于Chromosome數量，剩余Contig無信息標注的，則舍棄該菌株基因組；
如物種為單菌株基因組的物種，計算該菌株基因組的Contig數及每個Contig的長度，進而獲得該單菌株基因的N90,舍棄N90以外的Contigs；或者，舍棄長度小于設定值的Contigs。
5.根據權利要求1-4任一項所述的病原微生物基因組數據庫的建立方法，其特征在于，所述構建融合基因組步驟中，具體包括以下步驟：
基因組打斷：將所述參考菌株基因組打斷為長度為n且移步步長為k的序列集；
序列集去冗余：以上述序列集中的一條序列為參考序列集，將其余序列分別與該參考序列集比較，如100％匹配，則將該條序列舍棄，若非100％匹配則加入到參考集中，重復上述步驟，歷遍整個序列集，得到非冗余序列集；
非冗余序列集組裝：對上述非冗余序列集進行組裝，組裝完成后統計Contigs的長度，指定長度L，過濾長度小于L的Contigs，得到重新組裝的基因組；
基因組Contigs拼接：根據長度將Contigs從大到小排序，Contigs間使用m個連續N連接，融合為完整的基因組，得到的該物種的融合基因組；其中，N指在數據庫中以符號“N”表示序列間隙和不同菌株的連接。
6.根據權利要求5所述的病原微生物基因組數據庫的建立方法，其特征在于，所述n為30～10000的自然數；所述k為1～n的自然數。
7.根據權利要求6所述的病原微生物基因組數據庫的建立方法，其特征在于，所述n選自：100～500。
8.根據權利要求5所述的病原微生物基因組數據庫的建立方法，其特征在于，所述非冗余序列集組裝步驟中，所述長度L為100～10000。
9.根據權利要求5所述的病原微生物基因組數據庫的建立方法，其特征在于，所述基因組Contigs拼接步驟中，m為大于4的自然數。
10.權利要求1所述的建立方法得到的病原微生物基因組數據庫。
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