[發明專利]tRNA相關肺腺癌預后模型及其應用在審
| 申請號: | 201811304666.0 | 申請日: | 2018-11-04 |
| 公開(公告)號: | CN109337979A | 公開(公告)日: | 2019-02-15 |
| 發明(設計)人: | 匡牧宇;孫藝華;張輝標;鄭迪凡;周子瑯;李多;鄧超 | 申請(專利權)人: | 華東醫院 |
| 主分類號: | C12Q1/6886 | 分類號: | C12Q1/6886;C12Q1/6851 |
| 代理公司: | 上海精晟知識產權代理有限公司 31253 | 代理人: | 馮子玲 |
| 地址: | 200040 *** | 國省代碼: | 上海;31 |
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| 摘要: | |||
| 搜索關鍵詞: | 肺腺癌 預后 應用 預后預測 試劑盒 篩選 生物醫學檢測 正常肺組織 表達水平 評分模型 預后判斷 肺組織 制備 檢測 | ||
1.tRNA相關肺腺癌預后模型及其應用,包括提供了檢測組織中tRNA表達水平在肺腺癌預后判斷中的應用,其特征在于:它由以下步驟完成:
步驟一:肺腺癌及正常肺組織tRNA定量;
步驟二:tRNA與肺腺癌預后相關性;
步驟三:tRNA相關預后評分模型建立。
2.根據權利要求1所述的tRNA相關肺腺癌預后模型及其應用,其特征在于:所述肺腺癌及正常肺組織tRNA定量的步驟包括:
步驟一:確定研究對象;所使用的50對肺腺癌組織及癌旁正常肺組織組織樣本來自胸外科進行手術的患者,患者診斷以最終石蠟切片診斷為準,所納入的樣本均為肺腺癌,患者的基本信息及預后信息完備;
步驟二:組織RNA提取步驟同常規;
步驟三:RNA的去甲基化;步驟為:
一、選擇質量合格的樣品進行去甲基化處理;
二、配置試劑;
三、需要滿足去甲基化條件:37℃恒溫水浴100min;終止甲基化條件:加入160μLNuclease-free水以及40μL Stop buffer(5×),充分混勻;
步驟四:RNA沉淀;使用常規RNA沉淀方法,最后使用11μL Nuclease-free水,于56℃水浴鍋中放置10min,使RNA充分溶于水;
步驟五:RNA反轉錄成cDNA;步驟為:
一、配制退火混合物;
二、置于PCR儀,其反應條件為:65℃,5min,迅速置于冰上,冷卻1min以上;
三、配成mix;
四、將第二與第三的溶液充分混勻,25℃孵育8min,然后50℃孵育50min;
五、85攝氏度孵育5min終止反應。
步驟六:tRNA定量檢測;步驟為:
一、選擇質量合格的樣本進行PCR array的檢測;
二、1:40稀釋cDNA,充分混勻,
三、進行qPCR檢測。
步驟七:數據處理;不同芯片之間所獲得的數據需要進行第一步標準化處理,設定標化系數,qPCR數據處理過程如下:
ΔΔCt=ΔCt(樣本)-ΔCt(內參)
倍數差異=2-ΔΔCt(腫瘤)/2-ΔΔCt(正常)
比較兩組之間的差異選擇用雙側t檢驗,當p值<0.05時,認為有統計學差異。
3.根據權利要求1所述的tRNA相關肺腺癌預后模型及其應用,其特征在于:所述tRNA與肺腺癌預后相關性包含收集所有患者的臨床病理特征以及患者的無復發生存期和總生存期,并且將tRNA在腫瘤與對應癌旁組織中的相對表達量與患者的預后進行分析,通過Kaplan-Meier方法繪制RFS和CSS的存活曲線,對于每個存活曲線,進行對數秩檢驗,使用Cox PH回歸模型進行單變量和多變量分析,統計結果以95%置信區間(CI)表示,所有測試都是雙尾的,顯著性設定為p<0.05。R版本3.2.5軟件。
4.根據權利要求1所述的tRNA相關肺腺癌預后模型及其應用,其特征在于:所述tRNA相關預后評分模型建立包含單因素和多因素Cox PH回歸顯示基于tRNA的預后評分是肺腺癌患者CSS的獨立預測因子。而性別、腫瘤分化和血管侵犯等臨床病理因素也是獨立的預測因素,為了確定tRNA為基礎的預后評分在生存預測中的重要性,我們建立了兩個多變量模型,一個模型包含預后評分和重要臨床病理變量(組合模型),另一個僅包含重要的臨床病理變量(單一模型)。
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