[發(fā)明專利]一種環(huán)狀RNA與疾病的關(guān)聯(lián)關(guān)系預(yù)測(cè)方法有效
| 申請(qǐng)?zhí)枺?/td> | 201810652133.5 | 申請(qǐng)日： | 2018-06-22 |
| 公開（公告）號(hào)： | CN108920895B | 公開（公告）日： | 2020-08-07 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 王建新;嚴(yán)承;李敏;張雅妍 | 申請(qǐng)（專利權(quán)）人： | 中南大學(xué) |
| 主分類號(hào)： | G16B20/00 | 分類號(hào)： | G16B20/00;G16B40/00 |
| 代理公司： | 長(zhǎng)沙市融智專利事務(wù)所(普通合伙) 43114 | 代理人： | 龔燕妮 |
| 地址： | 410083 湖南*** | 國省代碼： | 湖南;43 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 一種 環(huán)狀 rna 疾病 關(guān)聯(lián) 關(guān)系 預(yù)測(cè) 方法 | ||
1.一種環(huán)狀RNA與疾病的關(guān)聯(lián)關(guān)系預(yù)測(cè)方法，其特征在于：包括如下步驟：
步驟1：獲取環(huán)狀RNA與疾病的關(guān)系鄰接矩陣，并基于所述關(guān)系鄰接矩陣構(gòu)建環(huán)狀RNA高斯核相似性第一矩陣以及疾病高斯核相似性第一矩陣；
其中，所述關(guān)系鄰接矩陣為Nc*Nd或Nd*Nc的矩陣，Nc為環(huán)狀RNA的種類數(shù)量，Nd為疾病的種類數(shù)量，所述關(guān)系鄰接矩陣中每個(gè)元素的值是依據(jù)對(duì)應(yīng)一種環(huán)狀RNA與一種疾病的關(guān)聯(lián)關(guān)系是否是已知的來進(jìn)行編碼；
所述環(huán)狀RNA高斯核相似性第一矩陣為Nc*Nc的矩陣，所述疾病高斯核相似性第一矩陣為Nd*Nd的矩陣；
步驟2：基于所述關(guān)系鄰接矩陣，并分別根據(jù)所述環(huán)狀RNA高斯核相似性第一矩陣、所述疾病高斯核相似性第一矩陣計(jì)算待預(yù)測(cè)環(huán)狀RNA與每種疾病、待預(yù)測(cè)疾病與每種環(huán)狀RNA的關(guān)系初始值；
其中，所述待預(yù)測(cè)環(huán)狀RNA為所述關(guān)系鄰接矩陣中與所有的疾病的關(guān)聯(lián)關(guān)系均未知的環(huán)狀RNA，所述待預(yù)測(cè)疾病為所述關(guān)系鄰接矩陣中與所有的環(huán)狀RNA的關(guān)聯(lián)關(guān)系均未知的疾病；一種待預(yù)測(cè)環(huán)狀RNA與一種疾病的關(guān)系初始值以及一種待預(yù)測(cè)疾病與一種環(huán)狀RNA的關(guān)系初始值的計(jì)算公式如下：
式中，Uij為待預(yù)測(cè)環(huán)狀RNA ci與疾病dj的關(guān)系初始值，ci表示環(huán)狀RNA集合中第i個(gè)環(huán)狀RNA，dj表示疾病集合中第j個(gè)疾病，N(ci)為待預(yù)測(cè)環(huán)狀RNAci的環(huán)狀RNA鄰居集合，為環(huán)狀RNA高斯核相似性第一矩陣KOld,c中第i行l(wèi)列的元素，ylj為所述關(guān)系鄰接矩陣中環(huán)狀RNAcl與疾病dj對(duì)應(yīng)的元素值；
Vij為待預(yù)測(cè)疾病dj與環(huán)狀RNAci的關(guān)系初始值，N(dj)為待預(yù)測(cè)疾病dj的疾病鄰居集合，為疾病高斯核相似性第一矩陣KOld,d中第j行l(wèi)列的元素，yil為所述關(guān)系鄰接矩陣中環(huán)狀RNAci與疾病dl對(duì)應(yīng)的元素值；
步驟3：更新所述關(guān)系鄰接矩陣，再基于更新的關(guān)系鄰接矩陣構(gòu)建環(huán)狀RNA高斯核相似性第二矩陣以及疾病高斯核相似性第二矩陣；
其中，將步驟2中每種待預(yù)測(cè)環(huán)狀RNA與所有疾病的關(guān)系初始值、每種待預(yù)測(cè)疾病與所有環(huán)狀RNA的關(guān)系初始值來替換原始關(guān)系鄰接矩陣中對(duì)應(yīng)元素值；
步驟4：分別根據(jù)所述環(huán)狀RNA高斯核相似性第一矩陣和環(huán)狀RNA高斯核相似性第二矩陣、所述疾病高斯核相似性第一矩陣和疾病高斯核相似性第二矩陣構(gòu)建環(huán)狀RNA相似性矩陣、疾病相似性矩陣；
步驟5：根據(jù)更新的所述關(guān)系鄰接矩陣、環(huán)狀RNA相似性矩陣、疾病相似性矩陣采用克羅內(nèi)克積最小二乘法計(jì)算出環(huán)狀RNA與疾病關(guān)聯(lián)分?jǐn)?shù)矩陣，再獲取待預(yù)測(cè)環(huán)狀RNA與所有疾病的關(guān)聯(lián)分?jǐn)?shù)以及待預(yù)測(cè)疾病與所有環(huán)狀RNA的關(guān)聯(lián)分?jǐn)?shù)；
其中，關(guān)聯(lián)分?jǐn)?shù)越高，待預(yù)測(cè)環(huán)狀RNA與疾病或待預(yù)測(cè)疾病與環(huán)狀RNA存在關(guān)聯(lián)關(guān)系的幾率越大；
所述環(huán)狀RNA與疾病關(guān)聯(lián)分?jǐn)?shù)矩陣為Nc*Nd或Nd*Nc的矩陣，且每個(gè)元素值為對(duì)應(yīng)一種環(huán)狀RNA與一種疾病的關(guān)聯(lián)分?jǐn)?shù)。
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