[發(fā)明專利]序列比對的狀態(tài)監(jiān)控裝置及方法有效
| 申請?zhí)枺?/td> | 201711212755.8 | 申請日: | 2017-11-28 |
| 公開(公告)號: | CN107862178B | 公開(公告)日: | 2021-08-24 |
| 發(fā)明(設(shè)計(jì))人: | 常珊;陸旭峰 | 申請(專利權(quán))人: | 江蘇理工學(xué)院 |
| 主分類號: | G16B30/10 | 分類號: | G16B30/10;G06F3/16 |
| 代理公司: | 常州佰業(yè)騰飛專利代理事務(wù)所(普通合伙) 32231 | 代理人: | 陳麗萍 |
| 地址: | 213001 江*** | 國省代碼: | 江蘇;32 |
| 權(quán)利要求書: | 查看更多 | 說明書: | 查看更多 |
| 摘要: | |||
| 搜索關(guān)鍵詞: | 序列 狀態(tài) 監(jiān)控 裝置 方法 | ||
1.一種序列比對的狀態(tài)監(jiān)控裝置,其特征在于,所述狀態(tài)監(jiān)控裝置中包括:
序列比對模塊,用于逐個(gè)將比對序列中的堿基與參考序列比對;
與所述序列比對模塊連接的比對結(jié)果輸出模塊,用于根據(jù)所述序列比對模塊的比對,針對比對序列中的每個(gè)堿基輸出一個(gè)比對結(jié)果;
與所述比對結(jié)果輸出模塊連接的響應(yīng)模塊,用于根據(jù)所述比對結(jié)果輸出模塊輸出的比對結(jié)果播放預(yù)設(shè)聲音,實(shí)現(xiàn)對序列比對狀態(tài)的監(jiān)控;
在所述狀態(tài)監(jiān)控裝置中還包括分別與序列比對模塊和比對結(jié)果輸出模塊連接的打分模塊,所述打分模塊根據(jù)所述序列比對模塊的比對進(jìn)行打分;所述比對結(jié)果輸出模塊根據(jù)所述打分模塊的打分輸出不同的比對結(jié)果;
在所述打分模塊中,當(dāng)序列比對模塊比對出比對序列中的一堿基與參考序列相應(yīng)位置的堿基相同,打出第一預(yù)設(shè)分?jǐn)?shù);當(dāng)序列比對模塊比對出比對序列中的一堿基與參考序列相應(yīng)位置的堿基不同,打出第二預(yù)設(shè)分?jǐn)?shù);
選擇等價(jià)矩陣作為序列比對打分機(jī)制,等價(jià)矩陣表現(xiàn)形式具體為:其中Ri,j代表打分矩陣元素,i和j分別代表比對序列和參考序列相應(yīng)位置的堿基;
在比對過程中,當(dāng)Rij=1,即比對序列中某一堿基與參考序列中相應(yīng)位置的堿基相同,返回二進(jìn)制數(shù)10并將其傳給響應(yīng)模塊;當(dāng)Rij=0,即比對序列中某一堿基與參考序列中相應(yīng)位置的堿基不同,返回二進(jìn)制數(shù)01并將其傳給響應(yīng)模塊;
在所述響應(yīng)模塊中,當(dāng)比對結(jié)果輸出模塊輸出第一預(yù)設(shè)分?jǐn)?shù),響應(yīng)第一預(yù)設(shè)聲音;當(dāng)比對結(jié)果輸出模塊輸出第二預(yù)設(shè)分?jǐn)?shù),響應(yīng)第二預(yù)設(shè)聲音。
2.如權(quán)利要求1所述的狀態(tài)監(jiān)控裝置,其特征在于,所述狀態(tài)監(jiān)控模塊中還包括與所述響應(yīng)模塊連接的比對結(jié)果判斷模塊,所述比對結(jié)果判斷模塊在比對序列比對結(jié)束后根據(jù)不同預(yù)設(shè)聲音的播放時(shí)間判斷整個(gè)比對序列的比對狀態(tài)。
3.一種序列比對的狀態(tài)監(jiān)控方法,其特征在于,所述狀態(tài)監(jiān)控方法中包括:
逐個(gè)將比對序列中的堿基與參考序列比對;
輸出比對序列中的每個(gè)堿基的比對結(jié)果;
根據(jù)比對結(jié)果播放預(yù)設(shè)聲音,實(shí)現(xiàn)對序列比對狀態(tài)的監(jiān)控;
在步驟逐個(gè)將比對序列中的堿基與參考序列比對之后,還包括:根據(jù)比對序列中各堿基的比對進(jìn)行打分;
在步驟輸出比對序列中的每個(gè)堿基的比對結(jié)果中,具體為:根據(jù)打分輸出不同的比對結(jié)果;
在步驟根據(jù)比對序列中各堿基的比對進(jìn)行打分中,包括:
當(dāng)比對出比對序列中的一堿基與參考序列相應(yīng)位置的堿基相同,打出第一預(yù)設(shè)分?jǐn)?shù);
當(dāng)比對出比對序列中的一堿基與參考序列相應(yīng)位置的堿基不同,打出第二預(yù)設(shè)分?jǐn)?shù);
選擇等價(jià)矩陣作為序列比對打分機(jī)制,等價(jià)矩陣表現(xiàn)形式具體為:其中Ri,j代表打分矩陣元素,i和j分別代表比對序列和參考序列相應(yīng)位置的堿基;
在比對過程中,當(dāng)Rij=1,即比對序列中某一堿基與參考序列中相應(yīng)位置的堿基相同,返回二進(jìn)制數(shù)10;當(dāng)Rij=0,即比對序列中某一堿基與參考序列中相應(yīng)位置的堿基不同,返回二進(jìn)制數(shù)01;
在步驟根據(jù)比對結(jié)果播放預(yù)設(shè)聲音中,包括:
當(dāng)輸出第一預(yù)設(shè)分?jǐn)?shù),響應(yīng)第一預(yù)設(shè)聲音;
當(dāng)輸出第二預(yù)設(shè)分?jǐn)?shù),響應(yīng)第二預(yù)設(shè)聲音。
4.如權(quán)利要求3所述的狀態(tài)監(jiān)控方法,其特征在于,在步驟根據(jù)比對結(jié)果播放預(yù)設(shè)聲音之后,還包括:
在比對序列比對結(jié)束后根據(jù)不同預(yù)設(shè)聲音的播放時(shí)間判斷整個(gè)比對序列的比對狀態(tài)。
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