本發(fā)明公開了DMD基因捕獲探針及其在DMD基因突變檢測中的應(yīng)用。本發(fā)明公開的DMD基因捕獲探針的制備方法包括：制備N個亞探針，連接N個亞探針，得到DMD基因捕獲探針；N為大于等于2的一個自然數(shù)；N個亞探針滿足N個亞探針能覆蓋DMD基因的全部序列；在DMD基因上任何兩個相鄰的亞探針均滿足上游亞探針的下游有一個或多個核苷酸與下游亞探針的上游重疊；N個亞探針的長度均為50?150bp。利用本發(fā)明的DMD基因捕獲探針對DMD基因進(jìn)行檢測不僅可以檢測DMD基因是否存在缺失/重復(fù)擴(kuò)增突變，還可以精確定位斷裂點區(qū)域以及片段大小，還可以檢測待測樣本的DMD基因點突變。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域中，DMD基因捕獲探針及其在DMD基因突變檢測中的應(yīng)用。

背景技術(shù)

DMD基因是假肥大型肌營養(yǎng)不良綜合征致病基因(DMD/BMD)，位于X染色體Xp21.2區(qū)域，是目前已知的最大的人類基因，含有79個外顯子，基因突變概率較高，在新生兒男嬰中達(dá)到約1:3500。DMD基因含有多種突變類型，單個或多個外顯子缺失突變最為常見，約占60～70％，單個或多個外顯子重復(fù)擴(kuò)增突變，約占5～10％，點突變包括單個或數(shù)個核苷酸置換、缺失或插入等，約占DMD所有突變的25％～35％。DMD基因龐大，突變發(fā)生率高，突變類型多樣，各種各樣的突變加在一起據(jù)統(tǒng)計達(dá)到四、五千種之多，這就給臨床上DMD基因檢測帶來了很大的困難。

傳統(tǒng)的DMD基因突變檢測方法，對于不同的突變類型需要選擇不同的檢測技術(shù)，對于點突變，需要應(yīng)用Sanger測序進(jìn)行檢測，對于外顯子重復(fù)或缺失突變，需要應(yīng)用微陣列比較基因組雜交技術(shù)(a-CGH)、MLPA或多重PCR等技術(shù)進(jìn)行檢測，上述檢測策略和方法檢測效率低，而且不能確定外顯子缺失的精確位點與片段大小，因此，本領(lǐng)域需要能同時檢測DMD多種突變類型的更準(zhǔn)確和效率更高的方法。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明所要解決的技術(shù)問題是如何檢測DMD基因全基因的突變。

為解決上述技術(shù)問題，本發(fā)明首先提供了DMD基因捕獲探針。所用DMD基因的序列為人類參考基因組版本Hg19(更新日期為2015年8月6日)的chrX:31137345-33357726。

本發(fā)明所提供的DMD基因捕獲探針，按照捕獲探針的制備方法制備，所述捕獲探針的制備方法包括：制備N個亞探針，連接所述N個亞探針，得到DMD基因捕獲探針；N為大于等于2的一個自然數(shù)；

所述N個亞探針滿足所述N個亞探針能覆蓋所述DMD基因的全部序列。

上述DMD基因捕獲探針中，所述亞探針均可為單鏈DNA。

上述DMD基因捕獲探針中，在所述DMD基因上任何兩個相鄰的亞探針均可滿足上游亞探針的下游有一個或多個核苷酸與下游亞探針的上游重疊。在所述DMD基因上任何兩個相鄰的亞探針具體均可滿足上游亞探針的下游有3個核苷酸與下游亞探針的上游重疊。

上述DMD基因捕獲探針中，所述N個亞探針的長度均可為50-150bp。所述N個亞探針的長度具體均可為60bp。所述N個亞探針可為38954個亞探針。

上述DMD基因捕獲探針中，所述N個亞探針的序列均可滿足：

第1條亞探針的序列為DMD基因的第1-60位；

第2條亞探針的序列為DMD基因的第58-117位；

第3條亞探針的序列為DMD基因的第115-174位；

……

第n條亞探針的序列為DMD基因的第【57(n-1)+1】-【57(n-1)+60】位；

……

第38953條亞探針的序列為DMD基因的第2220265-2220324位；