1.一種基于眾核協處理器的三級流水序列比對方法，其特征在于包括以下步驟：

步驟1：CPU根據計算機主存可用空間大小M_CPU，以及DNA短序列所占空間大小M_DNA，將DNA短序列即read平均分為L組，L為正整數，表示對“x”向上取整；

步驟2：在MIC即眾核協處理器上聲明三個指針變量：Seqs_ptr、Read_ptr和Write_ptr，并根據MIC上可用空間大小M_MIC以及參考基因組大小M_REF，在MIC上分別為三個指針分配同樣大小的緩存空間，MIC上每塊緩存空間大小M_SEQ＝(M_MIC-M_REF)/3，其中Seqs_ptr指向的空間存儲當前一組正在比對的序列，Read_ptr指向的空間存儲下一組將要比對的序列，Write_ptr指向的空間存儲上一組序列比對的結果；

步驟3：CPU初始化循環變量i為零；

步驟4：CPU將磁盤中L組read中的第i組讀入主存中；

步驟5：CPU根據MIC上Seqs_ptr指向的空間的大小M_SEQ，將讀入主存中的read平均分為M小組，M為正整數，

步驟6：CPU將循環變量m置為零；

步驟7：CPU將主存中M個小組read中的第m組讀到MIC的Seqs_ptr指向的空間內；

步驟8：根據MIC上可用計算核心數Core_MIC，以及MIC上每個計算核心支持的最大硬件線程數Thread_MIC，在MIC上同時啟動N+2個線程，線程編號為0到N+1，N>0，為整數，N＝(Core_MIC-1)*Thread_MIC，其中MIC卡需要保留一個核心處理主存與MIC卡之間數據調度，N+2個線程并行執行以下步驟：

步驟8.1：第0到第N-1號線程并行比對Seqs_ptr對應空間中的read，并將比較結果寫入Seqs_ptr對應空間中；比對方法采用李恒在論文《Fast?and?accurate?short?read?alignment?with?Burrows-Wheeler?Transform》中公布的基于BW變換的方法，將Seqs_ptr對應空間中的所有read比對完畢后，轉到步驟9；

步驟8.2：第N號線程將循環變量m加1，判斷m是否等于M，如果m不等于M，執行步驟8.2.1，如果m等于M，結束第N號線程，轉到步驟9；

步驟8.2.1：第N號線程將主存中M個小組read中的第m組讀到MIC的Read_ptr對應空間內，讀取完畢后，轉到步驟9；

步驟8.3：第N+1號線程判斷Write_ptr對應空間是否為空，如果Write_ptr對應空間不為空，執行步驟8.3.1，如果Write_ptr對應空間為空，結束第N+1號線程，轉到步驟9；

步驟8.3.1：第N+1號線程將Write_ptr對應空間中的read比對結果寫回主存，寫完成后轉到步驟9；

步驟9：同步第0到第N+1號線程，同步完成后，在MIC上的多線程部分執行完畢，以下步驟為單線程執行；

步驟10：MIC進行指針交換，在MIC上聲明臨時指針tmp_ptr，將Seqs_ptr值賦給tmp_ptr，將Read_ptr值賦給Seqs_ptr，將Write_ptr值賦給Read_ptr，將tmp_ptr值賦給Write_ptr，將tmp_ptr值置為空。

步驟11：MIC判斷Seqs_ptr對應空間是否為空，如果不為空，轉步驟8，如果為空，執行步驟12；

步驟12：MIC將Write_ptr對應空間中的read比對結果寫回主存；

步驟13：CPU將內存中第i大組read比對的結果寫回磁盤，并清空相應內存空間；

步驟14：CPU將循環變量i加1；

步驟15：CPU判斷i是否等于L，如果i不等于L，轉步驟4，如果i等于L，執行步驟16；

步驟16：MIC釋放Seqs_ptr、Read_ptr、Write_ptr指向的空間；

步驟17：結束比對。