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[發(fā)明專利]雙向多步deBruijn圖的壓縮存儲和構(gòu)造方法有效

專利信息
申請?zhí)枺?/td> 201210587059.6 申請日: 2012-12-28
公開(公告)號: CN103093121A 公開(公告)日: 2013-05-08
發(fā)明(設(shè)計)人: 孟金濤;魏彥杰;成杰峰;馮圣中 申請(專利權(quán))人: 深圳先進(jìn)技術(shù)研究院
主分類號: G06F19/22 分類號: G06F19/22
代理公司: 深圳市科進(jìn)知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 44316 代理人: 宋鷹武
地址: 518055 廣東省深圳*** 國省代碼: 廣東;44
權(quán)利要求書: 查看更多 說明書: 查看更多
摘要:
搜索關(guān)鍵詞: 雙向 debruijn 壓縮 存儲 構(gòu)造 方法
【權(quán)利要求書】:

1.一種雙向多步deBruijn圖的壓縮存儲和構(gòu)造方法,其特征在于,包括壓縮存儲步驟,具體為

S11、讀取一個序列s;

S12、將序列s用滑動窗口切割為多個片段t;

S13、對每個片段t,使用核酸編碼表進(jìn)行編碼,并表示為一個64位的整數(shù)a;

S14、將片段t進(jìn)行反轉(zhuǎn),使用對稱互補(bǔ)表將反轉(zhuǎn)的片段互補(bǔ)處理,得到互補(bǔ)片段v,并再次使用步驟S13中的核酸編碼表將互補(bǔ)片段進(jìn)行編碼,并表示為一個64位的整數(shù)b;

S15、取整數(shù)a和整數(shù)b的最大數(shù),作為片段t和互補(bǔ)片段v的k分子的標(biāo)志數(shù);

S16、重復(fù)步驟S11-S15,直至所有序列完成;

和deBruijn圖構(gòu)造步驟,具體為

S21、讀取一個序列s;

S22、將序列s用滑動窗口切割為多個片段t,選取一片段t其標(biāo)志數(shù)為cur、并標(biāo)記其前、后的片段的標(biāo)志數(shù)分別為pre、lat;

S23、若t的編碼小于其互補(bǔ)片段編碼,則交換pre,lat的值;

S24、在cur的正向位置映射表的相應(yīng)bit位置1來表示指向pre的邊;

S25、在cur的反向位置映射表的相應(yīng)bit位置1來表示指向lat的邊;

S26、重復(fù)步驟S22-S25,處理序列s的其他片段t,直至完成序列s的全部片段t,執(zhí)行步驟S27;

S27、讀取一個新的序列s,重復(fù)步驟S22-S26;直至處理完所有的序列,執(zhí)行步驟S28;

S28、完成雙向多步de?Bruijn圖的構(gòu)造。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的雙向多步deBruijn圖的壓縮存儲和構(gòu)造方法,其特征在于,所述步驟S12、S22中的滑動窗口為長度為k的滑動窗口,其中0<k<32且k為奇數(shù)。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的雙向多步deBruijn圖的壓縮存儲和構(gòu)造方法,其特征在于,所述步驟S13中的核酸編碼表為{A:00,C:01,G:10,T:11}。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的雙向多步deBruijn圖的壓縮存儲和構(gòu)造方法,其特征在于,所述步驟S14中的對稱互補(bǔ)表為{A->T,C->G,?G->C,T->A}。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的雙向多步deBruijn圖的壓縮存儲和構(gòu)造方法,其特征在于,所述步驟S14具體為,將片段t的字符串進(jìn)行反轉(zhuǎn),使用對稱互補(bǔ)表將反轉(zhuǎn)的字符串中每個字符變?yōu)槠浠パa(bǔ)字符,得到互補(bǔ)字符的字符串v,并再次使用步驟S13中的核酸編碼表將字符串v進(jìn)行編碼,并表示為一個64位的整數(shù)b;

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的雙向多步deBruijn圖的壓縮存儲和構(gòu)造方法,其特征在于,所述步驟S22中,若片段t沒有之前或之后的片段,則對pre或者lat值賦為空或NULL。

7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的雙向多步deBruijn圖的壓縮存儲和構(gòu)造方法,其特征在于,步驟S24中正向位置映射表為{A:0,C:1,G:2,T:3},位置查詢字符為pre的最后一個字符。

8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的雙向多步deBruijn圖的壓縮存儲和構(gòu)造方法,其特征在于,步驟S25中反向位置映射表為{A:4,C:5,G:6,T:7},位置查詢字符為lat的第一個字符的互補(bǔ)字符。

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說明:

1、專利原文基于中國國家知識產(chǎn)權(quán)局專利說明書;

2、支持發(fā)明專利 、實用新型專利、外觀設(shè)計專利(升級中);

3、專利數(shù)據(jù)每周兩次同步更新,支持Adobe PDF格式;

4、內(nèi)容包括專利技術(shù)的結(jié)構(gòu)示意圖流程工藝圖技術(shù)構(gòu)造圖

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