[發(fā)明專利]測序數(shù)據(jù)的處理方法及裝置無效
| 申請?zhí)枺?/td> | 201110391826.1 | 申請日: | 2011-11-30 |
| 公開(公告)號: | CN102831330A | 公開(公告)日: | 2012-12-19 |
| 發(fā)明(設(shè)計(jì))人: | 田仕林;周廣宇;李瑞強(qiáng) | 申請(專利權(quán))人: | 北京諾禾致源生物信息科技有限公司 |
| 主分類號: | G06F19/18 | 分類號: | G06F19/18 |
| 代理公司: | 北京康信知識產(chǎn)權(quán)代理有限責(zé)任公司 11240 | 代理人: | 吳貴明;余剛 |
| 地址: | 100083 北京市海*** | 國省代碼: | 北京;11 |
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| 摘要: | |||
| 搜索關(guān)鍵詞: | 序數(shù) 處理 方法 裝置 | ||
1.一種測序數(shù)據(jù)的處理方法,其特征在于,包括:
接收測序序列的第一測序數(shù)據(jù);以及
篩除所述第一測序數(shù)據(jù)中的第一測序片段的測序數(shù)據(jù),得到第二測序數(shù)據(jù),其中,所述第一測序片段為所述測序序列中含有接頭序列的測序片段。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,篩除所述第一測序數(shù)據(jù)中的第一測序片段的測序數(shù)據(jù),得到第二測序數(shù)據(jù)包括:
將所述第一測序數(shù)據(jù)與接頭序列庫中的數(shù)據(jù)進(jìn)行對比以確定所述第一測序數(shù)據(jù)中是否含有所述第一測序片段的測序數(shù)據(jù);以及
在確定所述第一測序數(shù)據(jù)中含有所述第一測序片段的測序數(shù)據(jù)時(shí),篩除所述第一測序數(shù)據(jù)中的所述第一測序片段的測序數(shù)據(jù),得到所述第二測序數(shù)據(jù)。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,在篩除所述第一測序數(shù)據(jù)中的所述第一測序片段的測序數(shù)據(jù),得到所述第二測序數(shù)據(jù)之后,所述方法還包括:
根據(jù)所述第二測序數(shù)據(jù)計(jì)算所述測序序列中對應(yīng)位置的第一堿基和第二堿基的個(gè)數(shù)含量,得到所述第一堿基的含量分布和所述第二堿基的含量分布,其中,所述第一堿基和所述第二堿基為所述測序序列中一對互補(bǔ)的嘌呤堿基和嘧啶堿基。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法,其特征在于,在根據(jù)所述第二測序數(shù)據(jù)計(jì)算所述測序序列中對應(yīng)位置的第一堿基和第二堿基的個(gè)數(shù)含量,得到所述第一堿基的含量分布和所述第二堿基的含量分布之后,所述方法還包括:
判斷所述測序序列是否為已知物種的測序序列;以及
在確定所述測序序列為所述已知物種的測序序列時(shí),將所述第一堿基的含量分布和所述第二堿基的含量分布與標(biāo)準(zhǔn)含量分布進(jìn)行對比以確定所述測序序列的質(zhì)控質(zhì)量。
5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法,其特征在于,在根據(jù)所述第二測序數(shù)據(jù)計(jì)算所述測序序列中對應(yīng)位置的第一堿基和第二堿基的個(gè)數(shù)含量,得到所述第一堿基的含量分布和所述第二堿基的含量分布之后,所述方法還包括:
判斷所述第一堿基的含量分布與所述第二堿基的含量分布是否一致;以及
在確定所述第一堿基的含量分布與所述第二堿基的含量分布不一致時(shí),確定所述測序序列存在測序錯(cuò)誤。
6.根據(jù)權(quán)利要求3所述的方法,其特征在于,在根據(jù)所述第二測序數(shù)據(jù)計(jì)算所述測序序列中對應(yīng)位置的第一堿基和第二堿基的個(gè)數(shù)含量,得到所述第一堿基的含量分布和所述第二堿基的含量分布之后,所述方法還包括:
判斷所述測序序列是否為未知物種的測序序列;以及
在確定所述測序序列為所述未知物種的測序序列時(shí),將所述第一堿基的含量分布和所述第二堿基的含量分布作為所述未知物種的第一堿基和第二堿基含量的預(yù)測值。
7.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,在篩除所述第一測序數(shù)據(jù)中的所述第一測序片段的測序數(shù)據(jù),得到所述第二測序數(shù)據(jù)之后,所述方法還包括:
計(jì)算所述第二測序數(shù)據(jù)中測序片段對應(yīng)位置的堿基質(zhì)量的平均值;
以所述測序片段對應(yīng)位置的堿基質(zhì)量的平均值作為所述測序序列對應(yīng)位置的堿基質(zhì)量;以及
統(tǒng)計(jì)所述測序序列的堿基質(zhì)量的位置分布。
8.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法,其特征在于,在篩除所述第一測序數(shù)據(jù)中的所述第一測序片段的測序數(shù)據(jù),得到所述第二測序數(shù)據(jù)之后,所述方法還包括:
計(jì)算所述第二測序數(shù)據(jù)中不同堿基質(zhì)量所對應(yīng)的堿基數(shù)目;以及
統(tǒng)計(jì)所述測序序列的堿基質(zhì)量的數(shù)目分布。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法,其特征在于,所述方法還包括:按照下式計(jì)算測序錯(cuò)誤率,得到測序錯(cuò)誤率分布:
Q=-10log10?E
其中,Q為所述堿基質(zhì)量,E為所述測序錯(cuò)誤率。
10.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法,其特征在于,在計(jì)算所述第二測序數(shù)據(jù)中不同堿基質(zhì)量所對應(yīng)的堿基數(shù)目;以及統(tǒng)計(jì)所述測序序列的堿基質(zhì)量的數(shù)目分布之后,所述方法還包括篩除所述第二測序數(shù)據(jù)中的第二測序片段和第三測序片段的測序數(shù)據(jù),得到第三測序數(shù)據(jù),其中,
所述第二測序片段為含有第三堿基的測序片段,其中,所述第三堿基為堿基質(zhì)量小于預(yù)設(shè)質(zhì)量且堿基數(shù)目在所述第二測序片段中的比例大于第一預(yù)設(shè)比例的堿基,
所述第三測序片段為含有第四堿基的測序片段,其中,所述第四堿基為未知堿基且在所述第三測序片段中的比例大于第二預(yù)設(shè)比例的堿基。
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