[發(fā)明專利]利用EST序列的冗余性開發(fā)辣椒SSR標(biāo)記及其方法有效
| 申請(qǐng)?zhí)枺?/td> | 201110279445.4 | 申請(qǐng)日: | 2011-09-20 |
| 公開(公告)號(hào): | CN103013986A | 公開(公告)日: | 2013-04-03 |
| 發(fā)明(設(shè)計(jì))人: | 鄒學(xué)校;孔秋生;陳文超;張竹青;張廣平 | 申請(qǐng)(專利權(quán))人: | 湖南省蔬菜研究所;華中農(nóng)業(yè)大學(xué) |
| 主分類號(hào): | C12N15/11 | 分類號(hào): | C12N15/11;C12N15/10;C12Q1/68 |
| 代理公司: | 武漢宇晨專利事務(wù)所 42001 | 代理人: | 張紅兵 |
| 地址: | 410125 湖南省長*** | 國省代碼: | 湖南;43 |
| 權(quán)利要求書: | 查看更多 | 說明書: | 查看更多 |
| 摘要: | |||
| 搜索關(guān)鍵詞: | 利用 est 序列 冗余 開發(fā) 辣椒 ssr 標(biāo)記 及其 方法 | ||
1.一種辣椒EST-SSR標(biāo)記,其特征在于,所述的EST-SSR標(biāo)記的核苷酸序列如序列表SEQIDNO:1-66所示。
2.利用EST序列的冗余性開發(fā)辣椒SSR標(biāo)記的方法,其特征在于包括下述步驟:
(1)從NCBI數(shù)據(jù)庫中檢索并下載辣椒的EST序列;
(2)利用CAP3軟件對(duì)對(duì)辣椒EST序列進(jìn)行拼接;
(3)對(duì)拼接后產(chǎn)生的重疊群(Contig)含有所有冗余的EST序列,在Contig序列比對(duì)結(jié)果中,用office軟件提供的查找功能,以“--”為檢索符,查找序列比對(duì)結(jié)果中的序列缺失部分(gap),再分析其緊鄰的非缺失序列是否具有SSR特征,SSR位點(diǎn)的判斷標(biāo)準(zhǔn)為:重復(fù)基序長度為2-6bp,重復(fù)次數(shù)>2,如沒有SSR特征,則放棄該序列;如果有SSR特征,則被認(rèn)為是一個(gè)潛在的多態(tài)性EST-SSR位點(diǎn);
(4)利用拼接所產(chǎn)生一致性序列,設(shè)計(jì)多態(tài)性EST-SSR位點(diǎn)側(cè)翼引物;
(5)從不同基因型的辣椒材料的嫩綠葉片中提取總DNA;
(6)用步驟(4)的側(cè)翼引物分別擴(kuò)增步驟(5)所述的材料,驗(yàn)證EST-SSR位點(diǎn)的多態(tài)性,具有多態(tài)性的EST-SSR位點(diǎn)的引物的核苷酸序列如序列表SEQ?ID?NO:1-66所示;
(7)計(jì)算每對(duì)引物的多態(tài)性信息含量,并對(duì)EST-SSR標(biāo)記進(jìn)行功能注釋;
其中步驟(6)的擴(kuò)增條件如下:
PCR反應(yīng)的總體積為10μL,含有1x?Buffer,2mM?MgCl2,200μM?dNTPs,0.2μM引物,0.5U?Taq酶,20ng?DNA;
PCR反應(yīng)程序?yàn)椋?4℃5min;94℃30s,55℃30s,72℃45s,35個(gè)循環(huán);72℃5min;12℃保存;
其中步驟(7)的計(jì)算公式如下:
式中:k是一個(gè)SSR所檢測到的等位基因的數(shù)量;
Pl是第i個(gè)等位基因的頻率。
該專利技術(shù)資料僅供研究查看技術(shù)是否侵權(quán)等信息,商用須獲得專利權(quán)人授權(quán)。該專利全部權(quán)利屬于湖南省蔬菜研究所;華中農(nóng)業(yè)大學(xué),未經(jīng)湖南省蔬菜研究所;華中農(nóng)業(yè)大學(xué)許可,擅自商用是侵權(quán)行為。如果您想購買此專利、獲得商業(yè)授權(quán)和技術(shù)合作,請(qǐng)聯(lián)系【客服】
本文鏈接:http://www.17sss.com.cn/pat/books/201110279445.4/1.html,轉(zhuǎn)載請(qǐng)聲明來源鉆瓜專利網(wǎng)。
- 發(fā)育相關(guān)的已表達(dá)序列標(biāo)志
- 丹參EST-SSR分子標(biāo)記的制備方法、特異引物及其應(yīng)用
- 利用EST序列的冗余性開發(fā)辣椒SSR標(biāo)記及其方法
- 一種芹菜EST-SSR指紋圖譜構(gòu)建方法及其應(yīng)用
- 一種棉花抗黃萎病EST?SSR分子標(biāo)記及其制備方法
- 利用全基因組和EST數(shù)據(jù)開發(fā)多態(tài)性EST?SSR標(biāo)記的方法
- EST-SSR標(biāo)記引物組合及篩選方法在豌豆矮生、蔓生種質(zhì)遺傳多樣性分析上的應(yīng)用
- 藜麥EST-SSR分子標(biāo)記及其應(yīng)用
- 團(tuán)頭魴精子誘導(dǎo)草魚減數(shù)分裂雌核發(fā)育后代的微衛(wèi)星遺傳指紋
- EST-SSR標(biāo)記鑒定換錦花和中國石蒜雜交種方法和引物
- 一種針對(duì)ASIC設(shè)計(jì)中網(wǎng)表邏輯冗余的優(yōu)化方法及系統(tǒng)
- 可自動(dòng)恢復(fù)冗余的冗余控制系統(tǒng)及其冗余自動(dòng)恢復(fù)方法
- 一種具備冗余接口的列控車載設(shè)備
- 可自動(dòng)恢復(fù)冗余的冗余控制系統(tǒng)
- 一種監(jiān)測冗余網(wǎng)絡(luò)完整性的方法和冗余裝置
- 冗余修正電路及應(yīng)用其的冗余修正方法
- N:1有狀態(tài)應(yīng)用網(wǎng)關(guān)冗余方法、系統(tǒng)和備用服務(wù)網(wǎng)關(guān)
- 冗余網(wǎng)絡(luò)中的信息共享方法及裝置、計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)介質(zhì)
- 帶反饋校正的冗余結(jié)構(gòu)
- 一種冗余制動(dòng)單元及車輛





