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[發(fā)明專利]利用EST序列的冗余性開發(fā)辣椒SSR標(biāo)記及其方法有效

專利信息
申請(qǐng)?zhí)枺?/td> 201110279445.4 申請(qǐng)日: 2011-09-20
公開(公告)號(hào): CN103013986A 公開(公告)日: 2013-04-03
發(fā)明(設(shè)計(jì))人: 鄒學(xué)校;孔秋生;陳文超;張竹青;張廣平 申請(qǐng)(專利權(quán))人: 湖南省蔬菜研究所;華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
主分類號(hào): C12N15/11 分類號(hào): C12N15/11;C12N15/10;C12Q1/68
代理公司: 武漢宇晨專利事務(wù)所 42001 代理人: 張紅兵
地址: 410125 湖南省長*** 國省代碼: 湖南;43
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摘要:
搜索關(guān)鍵詞: 利用 est 序列 冗余 開發(fā) 辣椒 ssr 標(biāo)記 及其 方法
【權(quán)利要求書】:

1.一種辣椒EST-SSR標(biāo)記,其特征在于,所述的EST-SSR標(biāo)記的核苷酸序列如序列表SEQIDNO:1-66所示。

2.利用EST序列的冗余性開發(fā)辣椒SSR標(biāo)記的方法,其特征在于包括下述步驟:

(1)從NCBI數(shù)據(jù)庫中檢索并下載辣椒的EST序列;

(2)利用CAP3軟件對(duì)對(duì)辣椒EST序列進(jìn)行拼接;

(3)對(duì)拼接后產(chǎn)生的重疊群(Contig)含有所有冗余的EST序列,在Contig序列比對(duì)結(jié)果中,用office軟件提供的查找功能,以“--”為檢索符,查找序列比對(duì)結(jié)果中的序列缺失部分(gap),再分析其緊鄰的非缺失序列是否具有SSR特征,SSR位點(diǎn)的判斷標(biāo)準(zhǔn)為:重復(fù)基序長度為2-6bp,重復(fù)次數(shù)>2,如沒有SSR特征,則放棄該序列;如果有SSR特征,則被認(rèn)為是一個(gè)潛在的多態(tài)性EST-SSR位點(diǎn);

(4)利用拼接所產(chǎn)生一致性序列,設(shè)計(jì)多態(tài)性EST-SSR位點(diǎn)側(cè)翼引物;

(5)從不同基因型的辣椒材料的嫩綠葉片中提取總DNA;

(6)用步驟(4)的側(cè)翼引物分別擴(kuò)增步驟(5)所述的材料,驗(yàn)證EST-SSR位點(diǎn)的多態(tài)性,具有多態(tài)性的EST-SSR位點(diǎn)的引物的核苷酸序列如序列表SEQ?ID?NO:1-66所示;

(7)計(jì)算每對(duì)引物的多態(tài)性信息含量,并對(duì)EST-SSR標(biāo)記進(jìn)行功能注釋;

其中步驟(6)的擴(kuò)增條件如下:

PCR反應(yīng)的總體積為10μL,含有1x?Buffer,2mM?MgCl2,200μM?dNTPs,0.2μM引物,0.5U?Taq酶,20ng?DNA;

PCR反應(yīng)程序?yàn)椋?4℃5min;94℃30s,55℃30s,72℃45s,35個(gè)循環(huán);72℃5min;12℃保存;

其中步驟(7)的計(jì)算公式如下:

PIC=1-Σi=1kPi2]]>

式中:k是一個(gè)SSR所檢測到的等位基因的數(shù)量;

Pl是第i個(gè)等位基因的頻率。

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說明:

1、專利原文基于中國國家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局專利說明書;

2、支持發(fā)明專利 、實(shí)用新型專利、外觀設(shè)計(jì)專利(升級(jí)中);

3、專利數(shù)據(jù)每周兩次同步更新,支持Adobe PDF格式;

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