[發明專利]一種預測抗生素類污染物聯合慢性毒性的方法有效
| 申請號： | 201110270841.0 | 申請日： | 2011-09-14 |
| 公開（公告）號： | CN102435599A | 公開（公告）日： | 2012-05-02 |
| 發明（設計）人： | 林志芬;高雅;鄒小明;尹大強 | 申請（專利權）人： | 同濟大學 |
| 主分類號： | G01N21/76 | 分類號： | G01N21/76;G01N21/64 |
| 代理公司： | 上海智信專利代理有限公司 31002 | 代理人： | 吳林松;周醒 |
| 地址： | 200092 *** | 國省代碼： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 預測 抗生素 污染物 聯合 慢性 毒性 方法 | ||
1.一種預測抗生素類污染物聯合慢性毒性的方法，其特征在于：其包括以下步驟：
(1)獲取抗生素理化參數；
(2)獲取受體蛋白及構建其同源模型，測定抗生素與受體蛋白的相互結合能；
(3)測定抗生素聯合毒性；
(4)以抗生素理化參數、抗生素與受體蛋白的相互結合能和抗生素聯合毒性為基礎，建立慢性聯合毒性預測模型；
(5)應用步驟(4)得到的模型預測抗生素聯合毒性。
2.如權利要求1所述的預測抗生素類污染物聯合慢性毒性的方法，其特征在于：所述抗生素的理化參數，包括最高占有軌道能、解離常數pKa、極化率、偶極矩、分子體積、吉布斯自由能和分子最高-低軌道占有能差Eh-l。
3.如權利要求1所述的預測抗生素類污染物聯合慢性毒性的方法，其特征在于：所述獲取抗生素的理化參數，具體包括以下步驟：
1、采用程序Chemoffice獲取小分子結構及其分子坐標，用B3LYP/3-21G基組構建好Gaussian計算文件；
2、采用Gaussian計算上述計算文件；
3、從計算結果中獲取理化參數：最高占有軌道能、解離常數pKa、極化率、偶極矩、分子體積、吉布斯自由能和分子最高-低軌道占有能差Eh-l。
4.如權利要求1所述的預測抗生素類污染物聯合慢性毒性的方法，其特征在于：所述獲取受體蛋白及構建其同源模型，具體包括以下步驟：
1、獲取受體蛋白的基因序列；
2、獲取大腸桿菌中該受體蛋白的晶體結構；
3、將步驟2中的晶體結構與受體蛋白的基因序列作序列對比，獲取兩者的相似度和一致性；
4、根據步驟3中兩者的相似度和一致性，建立同源模型；
5、基于拉氏圖結果選定該同源模型中的不匹配區域，對所建同源模型進行優化，直至評價分數不再有變化。
5.如權利要求4所述的預測抗生素類污染物聯合慢性毒性的方法，其特征在于：所述受體蛋白所在的受試生物為明亮發光桿菌。
6.如權利要求1所述的預測抗生素類污染物聯合慢性毒性的方法，其特征在于：所述測定抗生素與受體蛋白的相互結合能，具體包括以下步驟：
1、對所建同源模型加Charm力場；
2、選擇構建同源模型的受體蛋白為受體，根據大腸桿菌中的相應配體結合位置選定結合區域；
3、進行抗生素與受體蛋白的對接；
4、對接結束后，獲取抗生素與受體蛋白的相互結合能。
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